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youngfi

木虫 (小有名气)

[求助] gromacs中的top文件

请问大家是怎样得到gromacs中的top文件的?能不能指导一下?跪求!
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事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。
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fanc232

新虫 (小有名气)

引用回帖:
15楼: Originally posted by youngfi at 2015-03-19 16:56:27
姑娘,你去网上找找有个做金棒拉伸的那个文章,借鉴里面的那个top文件。不用刻意的去写itp文件。我现在基本就是三个文件搞定:gro, top和mdp。把力场中没有的原子类型自己添置在top中,参数也可以一并添加。把那个 ...

太好了,谢谢您!送红花一朵以表敬意!
我很喜欢计算机辅助药物设计
16楼2015-03-19 19:16:52
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-04-21 19:56:03
那就是写出每个分子的立场参数,找个例子研究一下就知道了。
2楼2013-04-20 22:30:30
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-04-21 19:56:16
命令pdb2gmx 转出来的 小分子就pro2drg 或者借用amber 的antechamber
3楼2013-04-21 16:28:38
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ttianwen

新虫 (初入文坛)

你要做的就是知道top文件的格式,参考manual,然后用程序自己写,引文用pdb2gmx转出来的会有很多问题,我向来都不用转的,而是自己写的
4楼2013-05-06 11:33:33
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