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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » GROMACS中distance restraint
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happy_ellen

新虫 (初入文坛)

[求助] GROMACS中distance restraint

在GROMACS中做动力学模拟时，想要限制一些关键距离，比如说氢键，该怎么做呢？
请大家帮忙，非常感谢！
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1楼 2013-10-10 17:22:09
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咖啡泡泡
2楼2013-10-10 17:47:48
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
看你的参数选择吧，mdp文件可以选择一些比方rvdm或者list等等距离，本身也有constraint的命令，如果要对单个原子等的进行设置，可以生成个index文件来控制。
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gromacs
3楼2013-10-10 22:06:57
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happy_ellen

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fangsteel at 2013-10-10 22:06:57
看你的参数选择吧，mdp文件可以选择一些比方rvdm或者list等等距离，本身也有constraint的命令，如果要对单个原子等的进行设置，可以生成个index文件来控制。

Constraint设定了好像就是固定了，是刚性的。我是想在两个分子的原子之间加限制，比如知道两个原子成氢键，我想把这两个原子的距离限制在一定的范围内。我看了Manual，distance_restraint是通过函数将距离限制的，我试了之后，发现距离没有限制住，我就不知道什么原因了
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4楼2013-10-11 08:45:56
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
happy_ellen: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢，金币给你吧~ 2013-10-12 10:59:03
引用回帖:
4楼: Originally posted by happy_ellen at 2013-10-11 08:45:56
Constraint设定了好像就是固定了，是刚性的。我是想在两个分子的原子之间加限制，比如知道两个原子成氢键，我想把这两个原子的距离限制在一定的范围内。我看了Manual，distance_restraint是通过函数将距离限制的， ...

你的itp文件的参数确定没错么？能不能把不能约束的原子的itp文件发出来看看
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gromacs
5楼2013-10-11 10:41:50
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happy_ellen

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by fangsteel at 2013-10-11 10:41:50
你的itp文件的参数确定没错么？能不能把不能约束的原子的itp文件发出来看看...

应该是因为我没在mdp文件中加入相应的参数，加入那些限制参数后可以限制了，只是有些本身柔性很大的地方限制的不是很好，我想这些地方就得加大限制力的大小，我现在在调参数，希望没问题了。
非常感谢你的应助！
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6楼2013-10-12 10:57:31
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shenchun11

铁虫 (小有名气)
想请教一下这个问题最后是怎么解决的，谢谢~
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7楼2014-12-09 17:28:35
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michelle5210

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by happy_ellen at 2013-10-12 10:57:31
应该是因为我没在mdp文件中加入相应的参数，加入那些限制参数后可以限制了，只是有些本身柔性很大的地方限制的不是很好，我想这些地方就得加大限制力的大小，我现在在调参数，希望没问题了。
非常感谢你的应助！...

你好~  我也想限制蛋白质的刚性结构，不知道restrain中的 -disre如何正确使用？我做了几次尝试还是会改变构象，还请赐教
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8楼2015-03-27 12:53:31
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