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happy_ellen

新虫 (初入文坛)

[求助] GROMACS中distance restraint

在GROMACS中做动力学模拟时,想要限制一些关键距离,比如说氢键,该怎么做呢?
请大家帮忙,非常感谢!
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2楼2013-10-10 17:47:48
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
看你的参数选择吧,mdp文件可以选择一些比方rvdm或者list等等距离,本身也有constraint的命令,如果要对单个原子等的进行设置,可以生成个index文件来控制。
gromacs
3楼2013-10-10 22:06:57
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happy_ellen

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by fangsteel at 2013-10-10 22:06:57
看你的参数选择吧,mdp文件可以选择一些比方rvdm或者list等等距离,本身也有constraint的命令,如果要对单个原子等的进行设置,可以生成个index文件来控制。

Constraint设定了好像就是固定了,是刚性的。我是想在两个分子的原子之间加限制,比如知道两个原子成氢键,我想把这两个原子的距离限制在一定的范围内。我看了Manual,distance_restraint是通过函数将距离限制的,我试了之后,发现距离没有限制住,我就不知道什么原因了
4楼2013-10-11 08:45:56
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
happy_ellen: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢,金币给你吧~ 2013-10-12 10:59:03
引用回帖:
4楼: Originally posted by happy_ellen at 2013-10-11 08:45:56
Constraint设定了好像就是固定了,是刚性的。我是想在两个分子的原子之间加限制,比如知道两个原子成氢键,我想把这两个原子的距离限制在一定的范围内。我看了Manual,distance_restraint是通过函数将距离限制的, ...

你的itp文件的参数确定没错么?能不能把不能约束的原子的itp文件发出来看看
gromacs
5楼2013-10-11 10:41:50
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happy_ellen

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by fangsteel at 2013-10-11 10:41:50
你的itp文件的参数确定没错么?能不能把不能约束的原子的itp文件发出来看看...

应该是因为我没在mdp文件中加入相应的参数,加入那些限制参数后可以限制了,只是有些本身柔性很大的地方限制的不是很好,我想这些地方就得加大限制力的大小,我现在在调参数,希望没问题了。
非常感谢你的应助!
6楼2013-10-12 10:57:31
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shenchun11

铁虫 (小有名气)

想请教一下这个问题最后是怎么解决的,谢谢~
7楼2014-12-09 17:28:35
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michelle5210

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by happy_ellen at 2013-10-12 10:57:31
应该是因为我没在mdp文件中加入相应的参数,加入那些限制参数后可以限制了,只是有些本身柔性很大的地方限制的不是很好,我想这些地方就得加大限制力的大小,我现在在调参数,希望没问题了。
非常感谢你的应助!...

你好~  我也想限制蛋白质的刚性结构,不知道restrain中的 -disre如何正确使用?我做了几次尝试还是会改变构象,还请赐教
8楼2015-03-27 12:53:31
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