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用AMBER做蛋白-小分子模拟，在预热阶段遇到的奇怪问题
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最近用AMBER做一个蛋白和药物小分子的模拟，总共分为四个阶段：minimization，heat，constant pressure density，和 equilibration。 目前遇到的一个奇怪问题是在预热时，虽然指定了tempi=0, temp0=300.0, 系统在前500步就迅速升温到>2000K。我修改了很多参数，直到限制 vlimit <=2，系统温度才能控制在300度左右，而且输出文件在做constant pressure density的时候还是引起问题（系统温度又跳到800K以上）。想请教一下专家们有没有遇到过类似问题，如何解决。多谢了！ 输入文件min1.in Relax solvent molecules &cntrl imin=1, maxcyc=1000, ncyc=500, ntb=1, ntr=1, cut=10 / Hold the protein & LIG fixed 5000.0 RES 1 128 END END 输入文件min2.in Relax all the atoms &cntrl imin=1, maxcyc=1500, ncyc=500, ntb=1, ntr=0, cut=10 / END 输入文件 heat.in Heat up the system for 20 ps (nstlim x dt) &cntrl imin=0, irest=0, ntx=1, ntb=1, cut=10.0, ntr=1, ntc=2, ntf=2, tempi=0.0, temp0=300.0, ntt=3, gamma_ln=1.0, nstlim=25000, dt=0.002, ntpr=500, ntwx=500 / Hold the drug and protein restrained (not fixed) 10.0 RES 1 128 END END |
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