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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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1142634328

铜虫 (初入文坛)

[求助] 用gromacs时,遇到下面问题怎么办,我是新手,麻烦说具体点,谢谢 已有1人参与

教程里的SOL是什么
(教程链接:http://wenku.baidu.com/link?url=suuaTXbO_HXeNvuEfi8_RhRAfhQdoZ854lEK4K6LKprgQwwuxA-i3ItwPn7BBBKEzt5ZgEBp08FzjiStYMJCoWYDTdLaseLRmDAmOGdQMfG    教程名字:Gromacs4.0入门教程(中文))
em.mdp和pr.mdp在哪里下载(最好给个链接)
posre.itp在文中找不到,是不是要下载
ions.itp  和md.mdp,在哪里找的到

输入editconf -bt cubic –f fws.pdb –o fws.pdb –d 0.9后,gromacs给出的提示
Back off! I just backed up fws.pdb  to ./#fws.pdb .1#
gcq#349: though the path of the connent is sure,it is consitation is not "(多操作几次发现这里有所不同)

输入genbox –cp fws.pdb –cs spc216.gro –o fws_b4em.pdb –p fws.top,给出的提示
back off! I just backed up fws.top   to ./#fws.top .1#
gcq#:it is unacceptable that choclate makes you fat
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
1142634328: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢啊 2015-01-23 10:12:22
问题太乱,看不清,试着回答几个
1.SOL就是水,只是水分子取的一个名字而已
2.mdp文件时需要自己写的,也可能可以下到em的,但是参数需要自己更改
3.ions.itp文件一般gromacs自带的share里有这个itp,直接include进去就行
gromacs
2楼2015-01-22 16:52:23
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