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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » cuda版的namd好像没有传说中的那么厉害。
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superdirac

木虫 (正式写手)

[交流] cuda版的namd好像没有传说中的那么厉害。 已有5人参与

rt
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
1楼 2011-07-21 12:06:54
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lqfwww

铜虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
用GPU算效率如何?^_^有没有个对比?
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2楼2011-07-21 14:36:26
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superdirac

木虫 (正式写手)
主要是这样。
1个node 12 个cpu。
而一个node挂一个gpu的话。只能用其中一个cpu。 剩下的11个cpu 全空着。不能用。就算gpu能快10倍。那11个闲置的cpu，也把node整体的运算能力降下来了。
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
3楼2011-07-21 16:31:11
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风间的记忆

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-07-23 09:30:55
  这个闲置的CPU资源一样可以利用起来做其他任务计算啊。。
以为是NAMD CPU和GPU比较呢
LZ让俺有点失望
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九州浩淼，任其东西，明日何在，但随我意。
4楼2011-07-22 14:40:56
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wally8962

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by superdirac at 2011-07-21 16:31:11
主要是这样。
1个node 12 个cpu。
而一个node挂一个gpu的话。只能用其中一个cpu。 剩下的11个cpu 全空着。不能用。就算gpu能快10倍。那11个闲置的cpu，也把node整体的运算能力降下来了。

1个gpu可以和任意数量的cpu搭配使用

至于加速比如何，要看模型的情况
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5楼2013-08-07 22:18:29
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fhh2626

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你用天河算了？我记得MYC以前说过如果用5个GPU节点和5个CPU节点算的话会比用10个CPU节点快一些。。。
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6楼2013-08-07 22:56:33
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wangkai_TYUT

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
如何把NAMD移植到GPU上啊，直接下载GPU版本还是下载source code自行编译？
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7楼2015-02-01 19:04:34
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