应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber计算中，对对象做SMD以后，如何表示配体周围的水密度变化
101/1返回列表
查看: 1699  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

白云鹤TJY

新虫 (小有名气)

[交流] amber计算中，对对象做SMD以后，如何表示配体周围的水密度变化

请问：我在amber中对配体进行拉伸动力学模拟（SMD）以后，因为之前加了一个水盒子，现想要分析配体周围水密度的变化情况，哪位大侠支个招呗，在此谢过了！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2013-08-23 10:59:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sciencejoy

新虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
水对配体的径向分布函数
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2013-08-24 09:19:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

白云鹤TJY

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-08-24 09:19:40
水对配体的径向分布函数

谢谢您的指点，可以再详细一点吗？
赞一下 回复此楼
3楼2013-08-25 09:57:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

超人与小木虫

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by 白云鹤TJY at 2013-08-25 09:57:59
谢谢您的指点，可以再详细一点吗？...

您好！！我也在看Amber的SMD，请问一下你整个拉伸过程做出来了吗？您的体系是大分子与小分子吗？
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2013-08-25 11:12:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sciencejoy

新虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by 超人与小木虫 at 2013-08-25 11:12:37
您好！！我也在看Amber的SMD，请问一下你整个拉伸过程做出来了吗？您的体系是大分子与小分子吗？...

我这边有个师妹做拉伸模拟，用lammps做的
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2013-08-25 11:45:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

白云鹤TJY

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 超人与小木虫 at 2013-08-25 11:12:37
您好！！我也在看Amber的SMD，请问一下你整个拉伸过程做出来了吗？您的体系是大分子与小分子吗？...

拉伸是做出来了，目前也就是分析了。体系是大分子团
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

超人与小木虫
6楼2013-08-25 15:47:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

超人与小木虫

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by 白云鹤TJY at 2013-08-25 15:47:51
拉伸是做出来了，目前也就是分析了。体系是大分子团...

你能不能把整个过程的in文件和输入命令行给我发一个？我拉伸没能做出来，主要是不知道怎么设置，谢谢！！！
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2013-08-25 15:54:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

白云鹤TJY

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 超人与小木虫 at 2013-08-25 15:54:49
你能不能把整个过程的in文件和输入命令行给我发一个？我拉伸没能做出来，主要是不知道怎么设置，谢谢！！！...

给我邮箱，我把manual发给你吧
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2013-08-25 16:42:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

超人与小木虫

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by 白云鹤TJY at 2013-08-25 16:42:45
给我邮箱，我把manual发给你吧...

你是说amber的manual吗？这个我有。你看能不能把你的输入文件整理一份给我借鉴一下呢？可以把你的分子名称都换掉，以免泄露信息。我的邮箱：517960058@qq.com
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2013-08-27 16:10:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

keke_1210

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
想请教下呢，LZ现在分析好配体周围水密度变化了吗？另外PMF能量输出在哪个文件中呢，看了manual还是不太懂教程里的dist_vs_t文件中的第三列数据的意义
赞一下 回复此楼
10楼2015-01-08 15:57:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 白云鹤TJY 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭