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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber计算中，对对象做SMD以后，如何表示配体周围的水密度变化
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白云鹤TJY

新虫 (小有名气)

[交流] amber计算中，对对象做SMD以后，如何表示配体周围的水密度变化

请问：我在amber中对配体进行拉伸动力学模拟（SMD）以后，因为之前加了一个水盒子，现想要分析配体周围水密度的变化情况，哪位大侠支个招呗，在此谢过了！
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1楼 2013-08-23 10:59:55
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sciencejoy

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水对配体的径向分布函数
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2楼2013-08-24 09:19:40
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白云鹤TJY

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-08-24 09:19:40
水对配体的径向分布函数

谢谢您的指点，可以再详细一点吗？
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3楼2013-08-25 09:57:59
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超人与小木虫

金虫 (小有名气)
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3楼: Originally posted by 白云鹤TJY at 2013-08-25 09:57:59
谢谢您的指点，可以再详细一点吗？...

您好！！我也在看Amber的SMD，请问一下你整个拉伸过程做出来了吗？您的体系是大分子与小分子吗？
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4楼2013-08-25 11:12:37
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sciencejoy

新虫 (著名写手)
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4楼: Originally posted by 超人与小木虫 at 2013-08-25 11:12:37
您好！！我也在看Amber的SMD，请问一下你整个拉伸过程做出来了吗？您的体系是大分子与小分子吗？...

我这边有个师妹做拉伸模拟，用lammps做的
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5楼2013-08-25 11:45:20
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白云鹤TJY

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 超人与小木虫 at 2013-08-25 11:12:37
您好！！我也在看Amber的SMD，请问一下你整个拉伸过程做出来了吗？您的体系是大分子与小分子吗？...

拉伸是做出来了，目前也就是分析了。体系是大分子团
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超人与小木虫
6楼2013-08-25 15:47:51
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超人与小木虫

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6楼: Originally posted by 白云鹤TJY at 2013-08-25 15:47:51
拉伸是做出来了，目前也就是分析了。体系是大分子团...

你能不能把整个过程的in文件和输入命令行给我发一个？我拉伸没能做出来，主要是不知道怎么设置，谢谢！！！
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7楼2013-08-25 15:54:49
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白云鹤TJY

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 超人与小木虫 at 2013-08-25 15:54:49
你能不能把整个过程的in文件和输入命令行给我发一个？我拉伸没能做出来，主要是不知道怎么设置，谢谢！！！...

给我邮箱，我把manual发给你吧
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8楼2013-08-25 16:42:45
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超人与小木虫

金虫 (小有名气)
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8楼: Originally posted by 白云鹤TJY at 2013-08-25 16:42:45
给我邮箱，我把manual发给你吧...

你是说amber的manual吗？这个我有。你看能不能把你的输入文件整理一份给我借鉴一下呢？可以把你的分子名称都换掉，以免泄露信息。我的邮箱：517960058@qq.com
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9楼2013-08-27 16:10:43
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keke_1210

木虫 (小有名气)
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想请教下呢，LZ现在分析好配体周围水密度变化了吗？另外PMF能量输出在哪个文件中呢，看了manual还是不太懂教程里的dist_vs_t文件中的第三列数据的意义
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10楼2015-01-08 15:57:44
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