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白云鹤TJY

新虫 (小有名气)


[交流] amber计算中,对对象做SMD以后,如何表示配体周围的水密度变化

请问:我在amber中对配体进行拉伸动力学模拟(SMD)以后,因为之前加了一个水盒子,现想要分析配体周围水密度的变化情况,哪位大侠支个招呗,在此谢过了!
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白云鹤TJY

新虫 (小有名气)


引用回帖:
4楼: Originally posted by 超人与小木虫 at 2013-08-25 11:12:37
您好!!我也在看Amber的SMD,请问一下你整个拉伸过程做出来了吗?您的体系是大分子与小分子吗?...

拉伸是做出来了,目前也就是分析了。体系是大分子团

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6楼2013-08-25 15:47:51
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sciencejoy

新虫 (著名写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
水对配体的径向分布函数
2楼2013-08-24 09:19:40
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白云鹤TJY

新虫 (小有名气)


引用回帖:
2楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-08-24 09:19:40
水对配体的径向分布函数

谢谢您的指点,可以再详细一点吗?
3楼2013-08-25 09:57:59
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超人与小木虫

金虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by 白云鹤TJY at 2013-08-25 09:57:59
谢谢您的指点,可以再详细一点吗?...

您好!!我也在看Amber的SMD,请问一下你整个拉伸过程做出来了吗?您的体系是大分子与小分子吗?
4楼2013-08-25 11:12:37
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