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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】NAMD求助
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sunnuan

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】NAMD求助 已有5人参与

在VMD中调用solvate 1.4 后，输入solvate ubq.psf ubq.pdb –t 5 –o ubq_wb，为什么图形窗口中球形水体包围蛋白没有变为立方形的水体包围蛋白？且没有得到ubq_wb.psf 和 ubq_wb.pdb两个文件？
      我是按照NAMD教程一步步来的，最近刚接触NAMD软件，周围也没有人用，请高手帮忙解答！
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1楼 2011-03-29 15:51:58
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superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5): 谢谢 2011-03-30 12:47:16
Info) Usage: solvate ...
Info) Usage: solvate ...  to just create a water box
Info) Options:
......
Info)     -t (override with any of the following)
......
Info)     -x
Info)     -y
Info)     -z
Info)     +x
Info)     +y
Info)     +z


-t: 加的是 溶剂球 。
-x -y -z +x +y +z :    加的才是  溶剂盒子。

[ Last edited by superdirac on 2011-3-29 at 17:54 ]
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
2楼2011-03-29 17:52:45
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5858797

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-03-30 12:47:43
引用回帖:
Originally posted by sunnuan at 2011-03-29 15:51:58:
在VMD中调用solvate 1.4 后，输入solvate ubq.psf ubq.pdb –t 5 –o ubq_wb，为什么图形窗口中球形水体包围蛋白没有变为立方形的水体包围蛋白？且没有得到ubq_wb.psf 和 ubq_wb.pdb两个文件？
      我是按照NA ...

加溶剂是 -x -y -z +x +y +z
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风雨路上，有你帮忙
3楼2011-03-29 21:17:29
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sunnuan

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by superdirac at 2011-03-29 17:52:45:
Info) Usage: solvate <psffile> <pdbfile> <option1?> <option2?>...
Info) Usage: solvate <option1?> <option2?>...  to just create a water box
Info) Options:
... ...

>Main< (1-1-build) 2 % package require solvate
1.4
>Main< (1-1-build) 3 % solvate ubq.psf ubq.pdb –t 5 –o ubq_wb
Info) Usage: solvate ...
Info) Usage: solvate ...  to just create a water box
Info) Options:
Info)     -o (data will be written to output.psf/output.pdb)
Info)     -s (should be either one or two letters; default WT)
Info)     -b (minimum distance between water and solute, default 2.4)
Info)     -minmax {{xmin ymin zmin} {xmax ymax zmax}}
Info)     -rotate (rotate molecule to minimize water volume)
Info)     -rotsel (selection of atoms to check for rotation)
Info)     -rotinc (degree increment for rotation)
Info)     -t (override with any of the following)
Info)     -x
Info)     -y
Info)     -z
Info)     +x
Info)     +y
Info)     +z
Info)     The following options allow the use of solvent other than water:
Info)       -spsf (PSF file for nonstandard solvent)
Info)       -spdb (PDB file for nonstandard solvent)
Info)       -stop (Topology file for nonstandard solvent)
Info)       -ws (Box length for nonstandard solvent)
Info)       -ks (Atom occuring once per residue for nonstandard solvent)
请帮忙看一下哪里错了？
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4楼2011-03-30 10:37:33
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superdirac

木虫 (正式写手)
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ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-30 12:47:55
引用回帖:
Originally posted by sunnuan at 2011-03-30 10:37:33:
>Main< (1-1-build) 2 % package require solvate
1.4
>Main< (1-1-build) 3 % solvate ubq.psf ubq.pdb –t 5 –o ubq_wb
Info) Usage: solvate <psffile> <pdbfile> <option1? ...

这个不是错误提示。呵呵！
　
error： 开头的那些行才是。

这些行的意思是 告诉你solvate的用法。呵呵！　
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
5楼2011-03-30 10:40:00
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sunnuan

银虫 (小有名气)
呜呜，我是菜鸟啊
solvate ubq.psf ubq.pdb –t 5 –o ubq_wb 中-t 5是溶剂球？ 我把-t 5换为-x -y -z +x +y +z 5 也不行啊
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6楼2011-03-30 11:00:47
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superdirac

木虫 (正式写手)
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ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-30 12:48:08
引用回帖:
Originally posted by sunnuan at 2011-03-30 11:00:47:
呜呜，我是菜鸟啊
solvate ubq.psf ubq.pdb –t 5 –o ubq_wb 中-t 5是溶剂球？ 我把-t 5换为-x -y -z +x +y +z 5 也不行啊

-x -2.5 -y -2.5 -z -2.5 +x 2.5 +y 2.5 +z 2.5

就是一个边长为5， 中心在原点的正方形盒子。 呵呵！　
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
7楼2011-03-30 11:03:24
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sunnuan

银虫 (小有名气)
好的，谢谢，今下午上完课再试试，到时还要麻烦您啊！请不吝赐教！十二万分的感谢！
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8楼2011-03-30 13:03:32
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橙橙0916

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by superdirac at 2011-03-30 11:03:24
-x -2.5 -y -2.5 -z -2.5 +x 2.5 +y 2.5 +z 2.5

就是一个边长为5， 中心在原点的正方形盒子。 呵呵！　...

您好，我也出现这种问题了，就是改不了方形的盒子！我把那句命令改成：solvate ubq.psf ubq.pdb -x -2.5 -y -2.5 -z -2.5 +x 2.5 +y 2.5 +z 2.5 –o ubq_wb 还是不行唉，还是球体的，请问这是什么原因呢？多谢啦！
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飞跃吧
9楼2014-02-27 17:27:19
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橙橙0916

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by sunnuan at 2011-03-30 13:03:32
好的，谢谢，今下午上完课再试试，到时还要麻烦您啊！请不吝赐教！十二万分的感谢！

我也出现了你这种问题
我把这句命令改成：solvate ubq.psf ubq.pdb -x -2.5 -y -2.5 -z -2.5 +x 2.5 +y 2.5 +z 2.5 –o ubq_wb
可是还是不行哎，请问下你后来是怎么解决的呢
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飞跃吧
10楼2014-02-27 17:28:21
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