应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】NAMD求助
51/1返回列表
查看: 1743  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

sunnuan

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】NAMD求助 已有5人参与

在VMD中调用solvate 1.4 后，输入solvate ubq.psf ubq.pdb –t 5 –o ubq_wb，为什么图形窗口中球形水体包围蛋白没有变为立方形的水体包围蛋白？且没有得到ubq_wb.psf 和 ubq_wb.pdb两个文件？
      我是按照NAMD教程一步步来的，最近刚接触NAMD软件，周围也没有人用，请高手帮忙解答！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-03-29 15:51:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sunnuan

银虫 (小有名气)
好的，谢谢，今下午上完课再试试，到时还要麻烦您啊！请不吝赐教！十二万分的感谢！
赞一下 回复此楼
8楼2011-03-30 13:03:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5): 谢谢 2011-03-30 12:47:16
Info) Usage: solvate ...
Info) Usage: solvate ...  to just create a water box
Info) Options:
......
Info)     -t (override with any of the following)
......
Info)     -x
Info)     -y
Info)     -z
Info)     +x
Info)     +y
Info)     +z


-t: 加的是 溶剂球 。
-x -y -z +x +y +z :    加的才是  溶剂盒子。

[ Last edited by superdirac on 2011-3-29 at 17:54 ]
赞一下(2人) 回复此楼
我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
2楼2011-03-29 17:52:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

5858797

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-03-30 12:47:43
引用回帖:
Originally posted by sunnuan at 2011-03-29 15:51:58:
在VMD中调用solvate 1.4 后，输入solvate ubq.psf ubq.pdb –t 5 –o ubq_wb，为什么图形窗口中球形水体包围蛋白没有变为立方形的水体包围蛋白？且没有得到ubq_wb.psf 和 ubq_wb.pdb两个文件？
      我是按照NA ...

加溶剂是 -x -y -z +x +y +z
赞一下(2人) 回复此楼
风雨路上，有你帮忙
3楼2011-03-29 21:17:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sunnuan

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by superdirac at 2011-03-29 17:52:45:
Info) Usage: solvate <psffile> <pdbfile> <option1?> <option2?>...
Info) Usage: solvate <option1?> <option2?>...  to just create a water box
Info) Options:
... ...

>Main< (1-1-build) 2 % package require solvate
1.4
>Main< (1-1-build) 3 % solvate ubq.psf ubq.pdb –t 5 –o ubq_wb
Info) Usage: solvate ...
Info) Usage: solvate ...  to just create a water box
Info) Options:
Info)     -o (data will be written to output.psf/output.pdb)
Info)     -s (should be either one or two letters; default WT)
Info)     -b (minimum distance between water and solute, default 2.4)
Info)     -minmax {{xmin ymin zmin} {xmax ymax zmax}}
Info)     -rotate (rotate molecule to minimize water volume)
Info)     -rotsel (selection of atoms to check for rotation)
Info)     -rotinc (degree increment for rotation)
Info)     -t (override with any of the following)
Info)     -x
Info)     -y
Info)     -z
Info)     +x
Info)     +y
Info)     +z
Info)     The following options allow the use of solvent other than water:
Info)       -spsf (PSF file for nonstandard solvent)
Info)       -spdb (PDB file for nonstandard solvent)
Info)       -stop (Topology file for nonstandard solvent)
Info)       -ws (Box length for nonstandard solvent)
Info)       -ks (Atom occuring once per residue for nonstandard solvent)
请帮忙看一下哪里错了？
赞一下 回复此楼
4楼2011-03-30 10:37:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +32 医学老男孩 2026-08-13 74/3700 2026-08-16 21:05 by 医学老男孩
[论文投稿] 岩土工程学报什么时候才能终审完呐 25+3 yeager111 2026-08-10 4/200 2026-08-16 20:42 by tfang
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +13 archvillain 2026-08-15 25/1250 2026-08-16 20:13 by zhaosm1982
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +9 Ldrop2023 2026-08-13 9/450 2026-08-16 13:24 by wukun_007
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[基金申请] 有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验） +10 majunge000 2026-08-11 12/600 2026-08-16 08:18 by xli1984
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +6 wangze12014 2026-08-14 7/350 2026-08-15 20:12 by gltch
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊 +12 Tide man 2026-08-10 13/650 2026-08-15 16:34 by 氺木
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +10 majunge000 2026-08-10 13/650 2026-08-15 12:26 by hanpeng972
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] filecode +15 documentary 2026-08-10 17/850 2026-08-14 10:08 by kissu88
[基金申请] FileCode能看出啥？ +10 要乐观耀哥 2026-08-10 32/1600 2026-08-14 09:37 by 要乐观耀哥
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 确定了，国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭