应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】NAMD求助
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
111/2返回列表12下一页
查看: 1608  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

sunnuan

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】NAMD求助 已有5人参与

在VMD中调用solvate 1.4 后，输入solvate ubq.psf ubq.pdb –t 5 –o ubq_wb，为什么图形窗口中球形水体包围蛋白没有变为立方形的水体包围蛋白？且没有得到ubq_wb.psf 和 ubq_wb.pdb两个文件？
      我是按照NAMD教程一步步来的，最近刚接触NAMD软件，周围也没有人用，请高手帮忙解答！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-03-29 15:51:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5): 谢谢 2011-03-30 12:47:16
Info) Usage: solvate ...
Info) Usage: solvate ...  to just create a water box
Info) Options:
......
Info)     -t (override with any of the following)
......
Info)     -x
Info)     -y
Info)     -z
Info)     +x
Info)     +y
Info)     +z


-t: 加的是 溶剂球 。
-x -y -z +x +y +z :    加的才是  溶剂盒子。

[ Last edited by superdirac on 2011-3-29 at 17:54 ]
赞一下(2人) 回复此楼
我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
2楼2011-03-29 17:52:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

5858797

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-03-30 12:47:43
引用回帖:
Originally posted by sunnuan at 2011-03-29 15:51:58:
在VMD中调用solvate 1.4 后，输入solvate ubq.psf ubq.pdb –t 5 –o ubq_wb，为什么图形窗口中球形水体包围蛋白没有变为立方形的水体包围蛋白？且没有得到ubq_wb.psf 和 ubq_wb.pdb两个文件？
      我是按照NA ...

加溶剂是 -x -y -z +x +y +z
赞一下(2人) 回复此楼
风雨路上，有你帮忙
3楼2011-03-29 21:17:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sunnuan

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by superdirac at 2011-03-29 17:52:45:
Info) Usage: solvate <psffile> <pdbfile> <option1?> <option2?>...
Info) Usage: solvate <option1?> <option2?>...  to just create a water box
Info) Options:
... ...

>Main< (1-1-build) 2 % package require solvate
1.4
>Main< (1-1-build) 3 % solvate ubq.psf ubq.pdb –t 5 –o ubq_wb
Info) Usage: solvate ...
Info) Usage: solvate ...  to just create a water box
Info) Options:
Info)     -o (data will be written to output.psf/output.pdb)
Info)     -s (should be either one or two letters; default WT)
Info)     -b (minimum distance between water and solute, default 2.4)
Info)     -minmax {{xmin ymin zmin} {xmax ymax zmax}}
Info)     -rotate (rotate molecule to minimize water volume)
Info)     -rotsel (selection of atoms to check for rotation)
Info)     -rotinc (degree increment for rotation)
Info)     -t (override with any of the following)
Info)     -x
Info)     -y
Info)     -z
Info)     +x
Info)     +y
Info)     +z
Info)     The following options allow the use of solvent other than water:
Info)       -spsf (PSF file for nonstandard solvent)
Info)       -spdb (PDB file for nonstandard solvent)
Info)       -stop (Topology file for nonstandard solvent)
Info)       -ws (Box length for nonstandard solvent)
Info)       -ks (Atom occuring once per residue for nonstandard solvent)
请帮忙看一下哪里错了？
赞一下 回复此楼
4楼2011-03-30 10:37:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-30 12:47:55
引用回帖:
Originally posted by sunnuan at 2011-03-30 10:37:33:
>Main< (1-1-build) 2 % package require solvate
1.4
>Main< (1-1-build) 3 % solvate ubq.psf ubq.pdb –t 5 –o ubq_wb
Info) Usage: solvate <psffile> <pdbfile> <option1? ...

这个不是错误提示。呵呵！
　
error： 开头的那些行才是。

这些行的意思是 告诉你solvate的用法。呵呵！　
赞一下(2人) 回复此楼
我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
5楼2011-03-30 10:40:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sunnuan

银虫 (小有名气)
呜呜，我是菜鸟啊
solvate ubq.psf ubq.pdb –t 5 –o ubq_wb 中-t 5是溶剂球？ 我把-t 5换为-x -y -z +x +y +z 5 也不行啊
赞一下 回复此楼
6楼2011-03-30 11:00:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-30 12:48:08
引用回帖:
Originally posted by sunnuan at 2011-03-30 11:00:47:
呜呜，我是菜鸟啊
solvate ubq.psf ubq.pdb –t 5 –o ubq_wb 中-t 5是溶剂球？ 我把-t 5换为-x -y -z +x +y +z 5 也不行啊

-x -2.5 -y -2.5 -z -2.5 +x 2.5 +y 2.5 +z 2.5

就是一个边长为5， 中心在原点的正方形盒子。 呵呵！　
赞一下(2人) 回复此楼
我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
7楼2011-03-30 11:03:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sunnuan

银虫 (小有名气)
好的，谢谢，今下午上完课再试试，到时还要麻烦您啊！请不吝赐教！十二万分的感谢！
赞一下 回复此楼
8楼2011-03-30 13:03:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

橙橙0916

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by superdirac at 2011-03-30 11:03:24
-x -2.5 -y -2.5 -z -2.5 +x 2.5 +y 2.5 +z 2.5

就是一个边长为5， 中心在原点的正方形盒子。 呵呵！　...

您好，我也出现这种问题了，就是改不了方形的盒子！我把那句命令改成：solvate ubq.psf ubq.pdb -x -2.5 -y -2.5 -z -2.5 +x 2.5 +y 2.5 +z 2.5 –o ubq_wb 还是不行唉，还是球体的，请问这是什么原因呢？多谢啦！
赞一下 回复此楼
飞跃吧
9楼2014-02-27 17:27:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

橙橙0916

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by sunnuan at 2011-03-30 13:03:32
好的，谢谢，今下午上完课再试试，到时还要麻烦您啊！请不吝赐教！十二万分的感谢！

我也出现了你这种问题
我把这句命令改成：solvate ubq.psf ubq.pdb -x -2.5 -y -2.5 -z -2.5 +x 2.5 +y 2.5 +z 2.5 –o ubq_wb
可是还是不行哎，请问下你后来是怎么解决的呢
赞一下 回复此楼
飞跃吧
10楼2014-02-27 17:28:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 sunnuan 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 求调剂 有机化学考研356分 +11 Nadiums 2026-03-25 12/600 2026-03-31 18:24 by oooqiao
[考研] 复试调剂 +5 双马尾痞老板2 2026-03-31 5/250 2026-03-31 18:23 by JourneyLucky
[考研] 285求调剂 +6 AZMK 2026-03-30 11/550 2026-03-31 17:33 by AZMK
[考研] 273求调剂 +3 李芷新1 2026-03-31 3/150 2026-03-31 17:31 by NN.
[考研] 理学07化学 303求调剂 +8 睿08 2026-03-27 8/400 2026-03-31 16:31 by 690616278
[考研] 362求调剂 +9 西南交材料专硕3 2026-03-31 9/450 2026-03-31 16:25 by w虫虫123
[考研] 一志愿西交大080500材料学硕349 +5 jqx1258 2026-03-31 6/300 2026-03-31 16:16 by 记事本2026
[考研] 生物学 296 求调剂 +7 朵朵- 2026-03-26 9/450 2026-03-31 14:26 by jp9609
[考研] 320分，材料与化工专业，求调剂 +10 一定上岸aaa 2026-03-27 14/700 2026-03-31 10:47 by foria
[考研] 一志愿厦门大学材料工程专硕354找调剂！！！ +5 贝呗钡钡 2026-03-30 5/250 2026-03-30 18:16 by 无际的草原
[考研] 材料化工340求调剂 +3 jhx777 2026-03-30 3/150 2026-03-30 17:54 by JourneyLucky
[考研] 332求调剂 +6 @MZB382400 2026-03-28 6/300 2026-03-30 16:57 by 无际的草原
[考研] 生物技术与工程 +7 1294608413 2026-03-25 8/400 2026-03-30 11:36 by 唐沐儿
[考研] 0856求调剂 +8 楒桉 2026-03-28 8/400 2026-03-30 10:00 by wzy-lxz
[考研] 085404求调剂，总分309，本科经历较为丰富 +6 来财aa 2026-03-25 6/300 2026-03-30 09:48 by 青海小西牛
[考研] 总分293求调剂 +8 加一一九 2026-03-25 11/550 2026-03-29 19:53 by 无际的草原
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +6 崔wj 2026-03-26 6/300 2026-03-29 01:11 by hanserlol
[考研] 394求调剂 +3 好事多磨静候佳� 2026-03-26 5/250 2026-03-28 14:24 by 唐沐儿
[考研] 315调剂 +4 0860求调剂 2026-03-26 5/250 2026-03-27 11:23 by wangjy2002
[考研] 各位老师您好：本人初试372分 +5 jj涌77 2026-03-25 6/300 2026-03-25 14:15 by mapenggao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭