| 查看: 1050 | 回复: 2 | ||
lifeisall管理员
|
[求助]
关于vmd加box后如何知道box信息的问题 已有1人参与
|
|
问题描述：我用vmd的tk控制台加box，命令行如下：solvate -psf input.psf -pdb input.pdb -t 10 -o new 这样新生成的pdb中加入了box，但是没有box信息，请问如何知道box各边长，因为跑namd时，配置文件中需要box信息，比如像这样的： # Periodic Boundary Conditions cellBasisVector1 48.7399997711 0 0 cellBasisVector2 0 70.658000946 0 cellBasisVector3 0 0 69.7450008392 请问如何得到box的信息，更好的是如何把box移到原点，并得到各边长的信息？ 谢谢各位！ |
回复此楼» 猜你喜欢
0856，269分求调剂
已经有7人回复
-
一志愿上海海洋大学083200食品学硕，求调剂，接受其他专业
已经有4人回复
-
070300化学279求调剂
已经有15人回复
-
295材料工程专硕求调剂
已经有16人回复
-
805600专硕材料与化工348分求调剂
已经有4人回复
-
304求调剂
已经有14人回复
-
求调剂推荐 材料 304
已经有21人回复
-
288求调剂 一志愿哈工大 材料与化工
已经有27人回复
-
材料调剂
已经有14人回复
-
材料调剂
已经有9人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- VMD由于周期性边界造成的显示问题
已经有6人回复
- NAMD/VMD 构建真空层
已经有4人回复
- VMD如何让跨越周期的键不显示
已经有4人回复
- vmd显示模拟盒子边界是不是每一步都得在命令界面上手动设置
已经有7人回复
- 【求助】lammps关于fix ave/spatial命令应用问题
已经有4人回复
- 关于国际氢能校稿
已经有4人回复
- lammps中change_box命令的使用,无法将模拟体系放在模拟盒子中间位置 急求~!
已经有10人回复
- 【求助】关于LAMMPS建模
已经有9人回复
- 求助lammps晶界建模如何保持box的周期性~~
已经有11人回复
- 求助VMD显示部分氨基酸的方法
已经有8人回复
- 关于响应曲面 ＢｏｘＢｅｎｈｎｋｅｎ的中心组合试验设计
已经有6人回复
- 在VMD中如何把分子构型存成图片格式
已经有5人回复
- vmd如何远程加载分子动力学轨迹？
已经有9人回复
- 关于lammps中的in文件运行时的错误问题查找
已经有10人回复
- vmd做pdb格式文件的动画求助
已经有12人回复
- 使用Design-Expert中的Box-Behnken时遇到的问题
已经有5人回复
- gromacs或者VMD中怎么截取特定的面？
已经有8人回复
- VMD怎么显示模拟盒子的边界？
已经有6人回复
- ansys workbench 14.0启动后toolbox里没有应用条目，这个怎么解决？
已经有22人回复
- 用Multiwfn、Gaussview、Molekel、VMD观看龙虾、盆景、骨盆、大脑
已经有16人回复
- 【原创】VMD如何显示晶胞格子
已经有13人回复
- 【求助】用VMD怎样显示3D结构的晶胞呢？
已经有6人回复
- 【求助】VMD中文使用手册
已经有23人回复
fangsteel
管理员
- 应助: 96 (初中生)
- 金币: 1213.6
- 散金: 32
- 红花: 22
- 帖子: 456
- 在线: 192.1小时
- 虫号: 2248690
- 注册: 2013-01-18
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
2楼2015-04-29 18:34:27
lifeisall
实习版主
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 60.6
- 散金: 120
- 红花: 1
- 帖子: 114
- 在线: 119.5小时
- 虫号: 1613219
- 注册: 2012-02-12
- 专业: 理论和计算化学
3楼2015-04-29 21:03:38
10