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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于vmd加box后如何知道box信息的问题
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lifeisall

铜虫 (小有名气)

[求助] 关于vmd加box后如何知道box信息的问题 已有1人参与

问题描述：我用vmd的tk控制台加box，命令行如下：solvate -psf input.psf -pdb input.pdb -t 10 -o new
这样新生成的pdb中加入了box，但是没有box信息，请问如何知道box各边长，因为跑namd时，配置文件中需要box信息，比如像这样的：
# Periodic Boundary Conditions
cellBasisVector1 48.7399997711 0 0
cellBasisVector2 0 70.658000946 0
cellBasisVector3 0 0 69.7450008392

请问如何得到box的信息，更好的是如何把box移到原点，并得到各边长的信息？
谢谢各位！
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1楼 2015-04-29 15:32:07
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lifeisall(abinitio代发): 金币+2, 鼓励交流 2015-04-30 07:31:48
把你弄好的构型输出成pdb格式，然后转成gro，在gro最后一行就是周期性盒子尺寸
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gromacs
2楼2015-04-29 18:34:27
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lifeisall

铜虫 (小有名气)
abinitio: 如果问题解决请及时奖励金币 2015-04-30 07:32:22
引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2015-04-29 18:34:27
把你弄好的构型输出成pdb格式，然后转成gro，在gro最后一行就是周期性盒子尺寸

多谢！
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3楼2015-04-29 21:03:38
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