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xunweiyang

新虫 (初入文坛)

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专业: 生物大分子结构与功能

[求助] 求助，加力场的时候出现了氢原子识别错误

各位好，我想得到一个冰晶结构的top文件，所以用pdb文件生成，在添加力场的时候出现了这个错误：
Fatal error:
Atom HW in residue HOH 1 was not found in rtp entry HOH with 3 atoms
while sorting atoms.
我的命令是：pdb2gmx4ms -f ice-text5.pdb -o ice.gro -p ice.top
pdb文件是：
REMARK Materials Studio PDB file
REMARK Created:  Fri Jan 23 10:37:38 中国标准时间 2015
ATOM    1  OW  SOL H 1    0.000 5.184 0.462  1.00  0.00          O
ATOM    2  HW  SOL H 1    0.000 5.175 1.419  1.00  0.00          H
ATOM    3  HW  SOL H 1    0.000 4.182 0.134  1.00  0.00          H
ATOM    4  OW  SOL H 1    2.251 1.285 0.462  1.00  0.00          O
ATOM    5  HW  SOL H 1    2.251 1.276 1.419  1.00  0.00          H
ATOM    6  HW  SOL H 1    2.251 0.283 0.134  1.00  0.00          H
ATOM    7  OW  SOL H 1    0.000 2.614 4.126  1.00  0.00          O
ATOM    8  HW  SOL H 1    0.000 2.623 5.083  1.00  0.00          H
ATOM    9  HW  SOL H 1    0.000 3.616 3.798  1.00  0.00          H
ATOM    10  OW  SOL H 1    2.251 6.513 4.126  1.00  0.00          O
ATOM    11  HW  SOL H 1    2.251 6.522 5.083  1.00  0.00          H
ATOM    12  HW  SOL H 1    2.251 7.515 3.798  1.00  0.00          H
ATOM    13  OW  SOL H 1    2.251 6.437 6.866  1.00  0.00          O
ATOM    14  HW  SOL H 1    3.046 6.042 7.194  1.00  0.00          H
ATOM    15  HW  SOL H 1    1.456 6.042 7.194  1.00  0.00          H
ATOM    16  OW  SOL H 1    0.000 5.260 3.202  1.00  0.00          O
ATOM    17  HW  SOL H 1    -0.795 5.655 3.530  1.00  0.00          H
ATOM    18  HW  SOL H 1    0.795 5.655 3.530  1.00  0.00          H
ATOM    19  OW  SOL H 1    2.251 1.361 3.202  1.00  0.00          O
ATOM    20  HW  SOL H 1    3.046 1.756 3.530  1.00  0.00          H
ATOM    21  HW  SOL H 1    1.456 1.756 3.530  1.00  0.00          H
ATOM    22  OW  SOL H 1    0.000 2.538 6.866  1.00  0.00          O
ATOM    23  HW  SOL H 1    -0.795 2.143 7.194  1.00  0.00          H
ATOM    24  HW  SOL H 1    0.795 2.143 7.194  1.00  0.00          H
TER    25
CONECT 1 2 3
CONECT 2 1
CONECT 3 1
CONECT 4 5 6
CONECT 5 4
CONECT 6 4
CONECT 7 8 9
CONECT 8 7
CONECT 9 7
CONECT 10 11 12
CONECT 11 10
CONECT 12 10
CONECT 13 14 15
CONECT 14 13
CONECT 15 13
CONECT 16 17 18
CONECT 17 16
CONECT 18 16
CONECT 19 20 21
CONECT 20 19
CONECT 21 19
CONECT 22 23 24
CONECT 23 23
CONECT 24 24
END
因为是新手，卡在这里好久了，求救各位大神，感激不尽！

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1楼 2015-01-23 19:02:43

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