应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于cutoff值
71/1返回列表
查看: 2093  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

凯旋1029

铁虫 (初入文坛)

[求助] 关于cutoff值 已有1人参与

amber跑完之后，cutoff值不同，分子最后的排列结构也不同，这是为什么
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2016-03-15 17:21:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chuntao118

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
即使使用相同的初始条件得到的最终构型也是不一样的，因为你不能保证你每一次选择的随机数是相同的，还有一个稳态的系统的最终构型是不唯一。
赞一下 回复此楼
2楼2016-03-15 18:56:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

凯旋1029

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chuntao118 at 2016-03-15 18:56:11
即使使用相同的初始条件得到的最终构型也是不一样的，因为你不能保证你每一次选择的随机数是相同的，还有一个稳态的系统的最终构型是不唯一。

那cutoff值为什么不能太小呢？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
3楼2016-03-17 09:00:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chuntao118

新虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 凯旋1029 at 2016-03-17 09:00:48
那cutoff值为什么不能太小呢？
...

太小的话，分子之间的作用力就舍入太多，系统可能回不稳定，能量不守恒。不能太大，要是太大作用对数太多计算时间消耗不起。所以阶段半径不能太大也不能太小，必须是满足计算需要的一个值，通常都有经验的值可供参考，例如：LJ 取2.0-3.5(sigma),软球势取的恰好是势能函数为零的值大约2的1/6次幂吧！
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

凯旋1029
4楼2016-03-17 14:46:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

凯旋1029

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by chuntao118 at 2016-03-17 14:46:54
太小的话，分子之间的作用力就舍入太多，系统可能回不稳定，能量不守恒。不能太大，要是太大作用对数太多计算时间消耗不起。所以阶段半径不能太大也不能太小，必须是满足计算需要的一个值，通常都有经验的值可供参 ...

cutoff小了，我的体系就跑乱了。应该就是这个原因吧。
赞一下 回复此楼
5楼2016-03-17 17:16:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

凯旋1029

铁虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by chuntao118 at 2016-03-17 14:46:54
太小的话，分子之间的作用力就舍入太多，系统可能回不稳定，能量不守恒。不能太大，要是太大作用对数太多计算时间消耗不起。所以阶段半径不能太大也不能太小，必须是满足计算需要的一个值，通常都有经验的值可供参 ...

amber中      ERROR: I could not find enough velocities in  我的体系跑了80ns之后断了。可是80ns不能restart，我想在50ns的时候重现跑，但是显示制备了一个50ns.rst文件但是显示ERROR: I could not find enough velocities in 。我的参数irest = 1, ntx = 5
赞一下 回复此楼
6楼2016-03-17 17:19:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (正式写手)
本帖仅楼主可见
赞一下
7楼2016-03-18 05:33:10
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页
相关版块跳转 我要订阅楼主 凯旋1029 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +3 德尚中行 2026-08-27 3/150 2026-08-28 15:24 by rongshuxia
[教师之家] 导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！ +8 苏东坡二世 2026-08-23 8/400 2026-08-28 14:41 by lkforward
[基金申请] 基金不中，共勉 +11 eulota 2026-08-26 11/550 2026-08-28 14:22 by 火星超人xi
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +4 gdd2018 2026-08-28 9/450 2026-08-28 14:22 by jklily
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +3 bud_bud 2026-08-27 6/300 2026-08-28 11:53 by bud_bud
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 基金未中，这种答复是模板吗？ +5 zhaosm1982 2026-08-27 6/300 2026-08-27 16:00 by lfy8008
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 今天务委会开完了，明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[职场人生] 学生撞见辅导员送外卖，第二天全班都沉默了 +3 鲸鱼融金_浙江_� 2026-08-22 3/150 2026-08-26 09:01 by zzuzxg
[基金申请] 国合现在查不到了吗？ +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭