应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于cutoff值
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 1988  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

凯旋1029

铁虫 (初入文坛)

[求助] 关于cutoff值 已有1人参与

amber跑完之后，cutoff值不同，分子最后的排列结构也不同，这是为什么
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2016-03-15 17:21:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chuntao118

新虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 凯旋1029 at 2016-03-17 09:00:48
那cutoff值为什么不能太小呢？
...

太小的话，分子之间的作用力就舍入太多，系统可能回不稳定，能量不守恒。不能太大，要是太大作用对数太多计算时间消耗不起。所以阶段半径不能太大也不能太小，必须是满足计算需要的一个值，通常都有经验的值可供参考，例如：LJ 取2.0-3.5(sigma),软球势取的恰好是势能函数为零的值大约2的1/6次幂吧！
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

凯旋1029
4楼2016-03-17 14:46:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

chuntao118

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
即使使用相同的初始条件得到的最终构型也是不一样的，因为你不能保证你每一次选择的随机数是相同的，还有一个稳态的系统的最终构型是不唯一。
赞一下 回复此楼
2楼2016-03-15 18:56:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

凯旋1029

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chuntao118 at 2016-03-15 18:56:11
即使使用相同的初始条件得到的最终构型也是不一样的，因为你不能保证你每一次选择的随机数是相同的，还有一个稳态的系统的最终构型是不唯一。

那cutoff值为什么不能太小呢？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
3楼2016-03-17 09:00:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

凯旋1029

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by chuntao118 at 2016-03-17 14:46:54
太小的话，分子之间的作用力就舍入太多，系统可能回不稳定，能量不守恒。不能太大，要是太大作用对数太多计算时间消耗不起。所以阶段半径不能太大也不能太小，必须是满足计算需要的一个值，通常都有经验的值可供参 ...

cutoff小了，我的体系就跑乱了。应该就是这个原因吧。
赞一下 回复此楼
5楼2016-03-17 17:16:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 070300化学354求调剂 +7 101次希望 2026-03-28 7/350 2026-03-30 13:22 by Iveryant
[考研] 283求调剂（080500） +14 A child 2026-03-27 14/700 2026-03-30 12:06 by 探123
[考研] 求调剂，一志愿 南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕 +6 @taotao 2026-03-26 7/350 2026-03-30 10:43 by 我是小康
[考研] 282求调剂 +4 wcq131415 2026-03-24 4/200 2026-03-30 10:39 by Delta2012
[考研] 调剂考研 +3 王杰一 2026-03-29 3/150 2026-03-29 08:09 by fmesaito
[考研] 085602 化工专硕 338分 求调剂 +12 路痴小琪 2026-03-27 12/600 2026-03-28 15:41 by L135790
[考研] 394求调剂 +3 好事多磨静候佳� 2026-03-26 5/250 2026-03-28 14:24 by 唐沐儿
[考研] 一志愿厦门大学化学学硕307求调剂 +10 y7czhao 2026-03-26 10/500 2026-03-28 14:23 by 唐沐儿
[考研] 材料与化工（0856）304求B区调剂 +8 邱gl 2026-03-27 8/400 2026-03-28 12:42 by 唐沐儿
[考研] 291求调剂 +15 hhhhxn.. 2026-03-23 21/1050 2026-03-28 11:26 by self2008
[有机交流] 高温高压反应求助 10+4 chibby 2026-03-25 4/200 2026-03-27 21:08 by BT20230424
[考研] 求调剂 +4 零八# 2026-03-27 4/200 2026-03-27 18:07 by yu221
[考研] 085600材料与化工调剂 +10 A-哆啦Z梦 2026-03-23 16/800 2026-03-27 15:13 by caszguilin
[考研] 305求调剂 +5 哇卢卡库 2026-03-26 5/250 2026-03-27 14:01 by laoshidan
[考研] 333求调剂 +3 question挽风 2026-03-23 3/150 2026-03-27 11:29 by 不吃魚的貓
[考研] 材料调剂 +8 匹克i 2026-03-23 8/400 2026-03-27 08:11 by hypershenger
[考研] 281求调剂 +6 Koxui 2026-03-24 7/350 2026-03-26 15:37 by 无际的草原
[考研] 07化学303求调剂 +5 睿08 2026-03-25 5/250 2026-03-25 22:46 by 418490947
[考研] 考研一志愿苏州大学初始315（英一）求调剂 +3 sbdksD 2026-03-24 4/200 2026-03-25 18:16 by xcjcqu
[考研] 0854AI CV方向招收调剂 +4 章小鱼567 2026-03-23 4/200 2026-03-25 17:04 by CoderLoser
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭