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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于cutoff值
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凯旋1029

铁虫 (初入文坛)

[求助] 关于cutoff值 已有1人参与

amber跑完之后，cutoff值不同，分子最后的排列结构也不同，这是为什么
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1楼 2016-03-15 17:21:52
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凯旋1029

铁虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by chuntao118 at 2016-03-17 14:46:54
太小的话，分子之间的作用力就舍入太多，系统可能回不稳定，能量不守恒。不能太大，要是太大作用对数太多计算时间消耗不起。所以阶段半径不能太大也不能太小，必须是满足计算需要的一个值，通常都有经验的值可供参 ...

amber中      ERROR: I could not find enough velocities in  我的体系跑了80ns之后断了。可是80ns不能restart，我想在50ns的时候重现跑，但是显示制备了一个50ns.rst文件但是显示ERROR: I could not find enough velocities in 。我的参数irest = 1, ntx = 5
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6楼2016-03-17 17:19:45
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chuntao118

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
即使使用相同的初始条件得到的最终构型也是不一样的，因为你不能保证你每一次选择的随机数是相同的，还有一个稳态的系统的最终构型是不唯一。
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2楼2016-03-15 18:56:11
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凯旋1029

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chuntao118 at 2016-03-15 18:56:11
即使使用相同的初始条件得到的最终构型也是不一样的，因为你不能保证你每一次选择的随机数是相同的，还有一个稳态的系统的最终构型是不唯一。

那cutoff值为什么不能太小呢？

发自小木虫Android客户端
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3楼2016-03-17 09:00:48
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chuntao118

新虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 凯旋1029 at 2016-03-17 09:00:48
那cutoff值为什么不能太小呢？
...

太小的话，分子之间的作用力就舍入太多，系统可能回不稳定，能量不守恒。不能太大，要是太大作用对数太多计算时间消耗不起。所以阶段半径不能太大也不能太小，必须是满足计算需要的一个值，通常都有经验的值可供参考，例如：LJ 取2.0-3.5(sigma),软球势取的恰好是势能函数为零的值大约2的1/6次幂吧！
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凯旋1029
4楼2016-03-17 14:46:54
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