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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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凯旋1029

铁虫 (初入文坛)

[求助] 关于cutoff值 已有1人参与

amber跑完之后,cutoff值不同,分子最后的排列结构也不同,这是为什么
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匿名

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7楼2016-03-18 05:33:10
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chuntao118

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
即使使用相同的初始条件得到的最终构型也是不一样的,因为你不能保证你每一次选择的随机数是相同的,还有一个稳态的系统的最终构型是不唯一。
2楼2016-03-15 18:56:11
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凯旋1029

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by chuntao118 at 2016-03-15 18:56:11
即使使用相同的初始条件得到的最终构型也是不一样的,因为你不能保证你每一次选择的随机数是相同的,还有一个稳态的系统的最终构型是不唯一。

那cutoff值为什么不能太小呢?

发自小木虫Android客户端
3楼2016-03-17 09:00:48
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chuntao118

新虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 凯旋1029 at 2016-03-17 09:00:48
那cutoff值为什么不能太小呢?
...

太小的话,分子之间的作用力就舍入太多,系统可能回不稳定,能量不守恒。不能太大,要是太大作用对数太多计算时间消耗不起。所以阶段半径不能太大也不能太小,必须是满足计算需要的一个值,通常都有经验的值可供参考,例如:LJ 取2.0-3.5(sigma),软球势取的恰好是势能函数为零的值大约2的1/6次幂吧!

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2016-03-17 14:46:54
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