NPT的输入文件设置如下——
stage1: 200ns npt
&cntrl
imin=0,ntb=2,cut=12,
ntc=2,ntf=2,
nstlim=100000000,dt=0.002,
ntpr=1000,ntwx=1000,
ntt=1,tautp=1,
ntp=1,taup=1.2,pres0=1,
tempi=300,temp0=300,
irest=1,ntx=5
/
跑出来的结果前八万七千多帧正常，后面全变成了二位平面，RMSD值看起来基本正常，但会影响结合能等分析，报错原因是原子不匹配。
请问各位大神这到底是怎么回事？
![为什么Amber跑的模拟前半段正常，后半段变成了二维平面？]()
54820帧.png
![为什么Amber跑的模拟前半段正常，后半段变成了二维平面？-1]()
93500帧.png |
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