| 查看: 621 | 回复: 3 | |||
[求助]
为什么Amber跑的模拟前半段正常，后半段变成了二维平面？
|
|
NPT的输入文件设置如下—— stage1: 200ns npt &cntrl imin=0,ntb=2,cut=12, ntc=2,ntf=2, nstlim=100000000,dt=0.002, ntpr=1000,ntwx=1000, ntt=1,tautp=1, ntp=1,taup=1.2,pres0=1, tempi=300,temp0=300, irest=1,ntx=5 / 跑出来的结果前八万七千多帧正常，后面全变成了二位平面，RMSD值看起来基本正常，但会影响结合能等分析，报错原因是原子不匹配。 请问各位大神这到底是怎么回事？  54820帧.png  93500帧.png |
回复此楼» 猜你喜欢
北科281学硕材料求调剂
已经有13人回复
-
289求调剂
已经有11人回复
-
网络空间安全0839招调剂
已经有5人回复
-
材料277求调剂
已经有4人回复
-
274求调剂
已经有7人回复
-
085600 材料与化工 329分求调剂
已经有3人回复
-
302求调剂
已经有3人回复
-
312求调剂
已经有5人回复
-
329求调剂
已经有3人回复
-
【2026考研调剂】制药工程 284分 求相关专业调剂名额
已经有8人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 怎么做出文献中dssp的图
已经有0人回复
- 个人对SYBYL软件常见问题总结（原创，第一期）——会需更新中……
已经有6人回复
- amber跑出结果的结合自由能为正值，怎么破？
已经有11人回复
- amber 里生成pdb文件的命令
已经有8人回复
- 我的迷茫的未来
已经有27人回复
- amber里用evb的力场去跑质子转移的minimization
已经有0人回复
- 谈谈<本人协助指导硕士生的文章被拒稿，续上次的奇葩story>
已经有10人回复
- 求助啊！！为什么amber最小化的时候没有rst输出文件，out文件也只有几行？
已经有3人回复
- 【迅雷】2012最新剧情《昨日的记忆》DVD国语中字
已经有0人回复
- amber 动力学中 rst文件出错
已经有1人回复
- 分享gromac的基本步骤，有木有好心人告知MC模拟 用towhee基本步骤
已经有3人回复
- 【迅雷】2011最新动画《火星救母记》DVD中英双字
已经有5人回复
- 用amber做DNA 的动力学模拟，能否说下你们曾经做过的最长的DNA?
已经有16人回复
- amber 动力学模拟中中DNA太长有什么影响[color=Red]？？？？？[/color]
已经有0人回复
- 【求助】写了个MOE的动力学的过程，希望大家批评几句!
已经有6人回复
2楼2016-03-23 14:57:11
G、sir
木虫 (小有名气)
- 应助: 15 (小学生)
- 金币: 1808.9
- 散金: 162
- 红花: 4
- 帖子: 194
- 在线: 135.3小时
- 虫号: 3081693
- 注册: 2014-03-23
- 专业: 化工热力学和基础数据
3楼2016-03-24 00:15:33
4楼2016-03-24 19:56:24
40