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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 为什么Amber跑的模拟前半段正常，后半段变成了二维平面？
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泛分子

木虫 (初入文坛)

[求助] 为什么Amber跑的模拟前半段正常，后半段变成了二维平面？

NPT的输入文件设置如下——
stage1: 200ns npt
&cntrl
  imin=0,ntb=2,cut=12,
  ntc=2,ntf=2,
  nstlim=100000000,dt=0.002,
  ntpr=1000,ntwx=1000,
  ntt=1,tautp=1,
  ntp=1,taup=1.2,pres0=1,
  tempi=300,temp0=300,
  irest=1,ntx=5
/

跑出来的结果前八万七千多帧正常，后面全变成了二位平面，RMSD值看起来基本正常，但会影响结合能等分析，报错原因是原子不匹配。
请问各位大神这到底是怎么回事？
为什么Amber跑的模拟前半段正常，后半段变成了二维平面？
54820帧.png


为什么Amber跑的模拟前半段正常，后半段变成了二维平面？-1
93500帧.png
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挂着分析化学的羊头卖物理化学的狗肉
1楼 2016-01-11 09:25:49
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泛分子

木虫 (初入文坛)
求回答
回复此楼
挂着分析化学的羊头卖物理化学的狗肉
2楼2016-03-23 14:57:11
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G、sir

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 应助指数+1 2016-03-31 13:38:05
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流。 2016-03-31 13:38:14
把管子fixed

发自小木虫IOS客户端
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3楼2016-03-24 00:15:33
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泛分子

木虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by G、sir at 2016-03-24 00:15:33
把管子fixed

试过了，结构奇怪
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挂着分析化学的羊头卖物理化学的狗肉
4楼2016-03-24 19:56:24
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