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为什么Amber跑的模拟前半段正常，后半段变成了二维平面？
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NPT的输入文件设置如下—— stage1: 200ns npt &cntrl imin=0,ntb=2,cut=12, ntc=2,ntf=2, nstlim=100000000,dt=0.002, ntpr=1000,ntwx=1000, ntt=1,tautp=1, ntp=1,taup=1.2,pres0=1, tempi=300,temp0=300, irest=1,ntx=5 / 跑出来的结果前八万七千多帧正常，后面全变成了二位平面，RMSD值看起来基本正常，但会影响结合能等分析，报错原因是原子不匹配。 请问各位大神这到底是怎么回事？  54820帧.png  93500帧.png |
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4楼2016-03-24 19:56:24
G、sir
木虫 (小有名气)
- 应助: 15 (小学生)
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- 在线: 135.1小时
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- 注册: 2014-03-23
- 专业: 化工热力学和基础数据
3楼2016-03-24 00:15:33