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泛分子

木虫 (初入文坛)

[求助] 为什么Amber跑的模拟前半段正常,后半段变成了二维平面?

NPT的输入文件设置如下——
stage1: 200ns npt
&cntrl
  imin=0,ntb=2,cut=12,
  ntc=2,ntf=2,
  nstlim=100000000,dt=0.002,
  ntpr=1000,ntwx=1000,
  ntt=1,tautp=1,
  ntp=1,taup=1.2,pres0=1,
  tempi=300,temp0=300,
  irest=1,ntx=5
/

跑出来的结果前八万七千多帧正常,后面全变成了二位平面,RMSD值看起来基本正常,但会影响结合能等分析,报错原因是原子不匹配。
请问各位大神这到底是怎么回事?
为什么Amber跑的模拟前半段正常,后半段变成了二维平面?
54820帧.png


为什么Amber跑的模拟前半段正常,后半段变成了二维平面?-1
93500帧.png
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挂着分析化学的羊头卖物理化学的狗肉
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泛分子

木虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by G、sir at 2016-03-24 00:15:33
把管子fixed

试过了,结构奇怪
挂着分析化学的羊头卖物理化学的狗肉
4楼2016-03-24 19:56:24
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G、sir

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


月只蓝: 应助指数+1 2016-03-31 13:38:05
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流。 2016-03-31 13:38:14
3楼2016-03-24 00:15:33
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