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心不留影

铜虫 (初入文坛)

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专业: 生物大分子结构与功能

[求助] 怎么做出文献中dssp的图

请教各位前辈

amber跑完轨迹，想看二级结构变，参照http://blog.sina.com.cn/s/blog_834872aa01019mnt.html这篇博文用vmd提取的信息

求问上面得到信息怎么才能做出文献中的图来？

~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
#上一个博文中介绍用vmd提取dssp计算的二级结构，生成sec4traj.txt数据文件。然后就是需要做图，如同gmx的do_dssp生成的类似的图。
#导入数据
mysecdata <- read.table("sec4traj.txt", header=T, check.names=F, colClasses="character"

#定义为matrix
mysecdata <- as.matrix(mysecdata)
#拷贝一个进行数据处理
mysec <- mysecdata
#现在的情况是mysec的data还是character类型，先转换一下，根据dssp的定义
#H = alpha helix
#B = residue in isolated beta-bridge
#E = extended strand, participates in beta ladder
#G = 3-helix (3/10 helix)
#I = 5 helix (pi helix)
#T = hydrogen bonded turn
#S = bend
#我们的数据里的 X = loop or irregular
#其实到这里为止就可以统计各种二级结构的百分含量了，例如我们要统计alpha helix的含量，就是计算每一行中字母“H”的含量；
perH <- NULL
for(i in 1:nrow(mysec)){perH=length(which(mysec[i,]=="H")/ncol(mysec)}
myhelix <- data.frame(rownames(mysec), perH)
#对于myhelix就可以做图观察其含量变化了
#还是需要转换为数值型的
mysec[] <- match(mysecdata, c("X", "H", "B", "E", "G", "I", "T", "S")
mode(mysec) <- "numeric"
mycol <- as.numeric(colnames(mysec))
myrow <- as.numeric(rownames(mysec))
#然后做图
#先定义一个颜色板吧，分别代表X H B E G I T S
mycolor <- c("white", "blueviolet", "black", "yellow", "blue", "cyan", "red", "green",)
image(min(myrow):max(myrow), min(mycol):max(mycol), mysec, col=mycolor)
#这样应该差不多了,同样的做图适应于amber产生的数据

这是用的什么软件？

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1楼 2015-12-02 09:48:02

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