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怎么做出文献中dssp的图
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请教各位前辈 amber跑完轨迹，想看二级结构变，参照http://blog.sina.com.cn/s/blog_834872aa01019mnt.html这篇博文用vmd提取的信息 求问上面得到信息怎么才能做出文献中的图来？ ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ #上一个博文中介绍用vmd提取dssp计算的二级结构，生成sec4traj.txt数据文件。然后就是需要做图，如同gmx的do_dssp生成的类似的图。 #导入数据 mysecdata <- read.table("sec4traj.txt", header=T, check.names=F, colClasses="character"  #定义为matrix mysecdata <- as.matrix(mysecdata) #拷贝一个进行数据处理 mysec <- mysecdata #现在的情况是mysec的data还是character类型，先转换一下，根据dssp的定义 #H = alpha helix #B = residue in isolated beta-bridge #E = extended strand, participates in beta ladder #G = 3-helix (3/10 helix) #I = 5 helix (pi helix) #T = hydrogen bonded turn #S = bend #我们的数据里的 X = loop or irregular #其实到这里为止就可以统计各种二级结构的百分含量了，例如我们要统计alpha helix的含量，就是计算每一行中字母“H”的含量； perH <- NULL for(i in 1:nrow(mysec)){perH=length(which(mysec[i,]=="H" )/ncol(mysec)}myhelix <- data.frame(rownames(mysec), perH) #对于myhelix就可以做图观察其含量变化了 #还是需要转换为数值型的 mysec[] <- match(mysecdata, c("X", "H", "B", "E", "G", "I", "T", "S" )mode(mysec) <- "numeric" mycol <- as.numeric(colnames(mysec)) myrow <- as.numeric(rownames(mysec)) #然后做图 #先定义一个颜色板吧，分别代表X H B E G I T S mycolor <- c("white", "blueviolet", "black", "yellow", "blue", "cyan", "red", "green",) image(min(myrow):max(myrow), min(mycol):max(mycol), mysec, col=mycolor) #这样应该差不多了,同样的做图适应于amber产生的数据 这是用的什么软件？ |
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