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lifeisall

铜虫 (小有名气)

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[求助] amber里用evb的力场去跑质子转移的minimization

amber里可以用evb的力场去跑质子转移的minimization吗？有人做过么？为什么我的输出文件 mr.out  mp.out  evbout 均没跑完就停止了，而且最后说：

NSTEP    ENERGY       RMS          GMAX       NAME NUMBER
114    -8.0177E+05    6.1213E+02    9.4146E+02    C3    2496

BOND =    77.0831  ANGLE =    71.0967  DIHED    =       2.4167
VDWAALS =    -341.7512  EEL    =  -801614.2095  HBOND    =       0.0000
1-4 VDW =    37.4290  1-4 EEL =       0.3277  RESTRAINT  =       0.0000

   ... RESTARTED DUE TO LINMIN FAILURE ...

   ***** REPEATED LINMIN FAILURE *****

   ***** SEE http://ambermd.org/Questions/linmin.html FOR MORE INFO *****

请问这是怎么回事呢？为什么会出现failure呢？
我的input文件如下：
dhfrc1 nvt

&cntrl

  ievb=1,
  imin=1, maxcyc=400,
  ntmin=1, ncyc=200,
  irest  = 0, ntx=1,
  cut=12.0,
  ntpr = 1, ntave=1,
  ntwr = 1, ntwx = 1, ntwe = 1,
  ibelly=1, bellymask="@2614",
/
&ewald
  nfft1 = 120, nfft2 = 120, nfft3 = 120,
/

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1楼 2014-05-08 19:32:26

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