24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 799  |  回复: 2
【悬赏金币】回答本帖问题,作者沙漠猎人将赠送您 5 个金币

沙漠猎人

版主 (正式写手)

[求助] 在用amber12做能量分解的时候,遇到F原子或Cl原子,应该做怎样的处理啊,急。 已有1人参与

出现下面的代码。有没有做过的朋友啊,求救
bad atom type: cl
        /home//amber12/bin/sander -O -i sander_com.in -o sander_com.1.out -c ../01_GenerateSnapshots/protein_com.crd.1 -p /home//md/md-18/complex_vac.prmtop not successful
        For details see: https://ambermd.org/Questions/mm ... mand_not_successful
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

www.modekeji.cn
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

---木鱼---

木虫 (小有名气)

你好,我现在也遇到了相同的问题,请问你是怎么解决的呀!?有重谢呦~

发自小木虫Android客户端
如果你失败了,证明你已离成功不远了
2楼2016-04-11 09:28:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

殷赋科技

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

在Amber promtop文件中,Cl原子的写法是Cl(大写C),不是小写的cl。用tleap生成prmtop文件的时候没有遇到问题吗?
3楼2016-04-22 12:06:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 沙漠猎人 的主题更新
不应助 确定回帖应助 (注意:应助才可能被奖励,但不允许灌水,必须填写15个字符以上)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上5B能上会吗? +6 redcom 2026-03-29 6/300 2026-03-30 11:03 by RRRKKK
[考研] 285求调剂 +5 AZMK 2026-03-29 8/400 2026-03-30 10:41 by AZMK
[考研] 一志愿南开大学0710生物学359求调剂 +5 兔兔兔111223314 2026-03-29 5/250 2026-03-30 10:41 by malone0211
[考研] 一志愿中南大学化学0703总分337求调剂 +6 niko- 2026-03-27 6/300 2026-03-30 10:25 by herarysara
[考研] 375求调剂 +6 雨夏整夜 2026-03-29 6/300 2026-03-30 10:21 by herarysara
[考研] 327求调剂 +4 小卡不卡. 2026-03-29 4/200 2026-03-30 06:15 by wxiongid
[考研] 343求调剂 +6 爱羁绊 2026-03-29 6/300 2026-03-29 12:00 by 无际的草原
[考研] 332求92调剂 +8 蕉蕉123 2026-03-28 8/400 2026-03-29 10:46 by 周梓丹
[考研] 279求调剂 +4 蝶舞轻绕 2026-03-29 4/200 2026-03-29 09:45 by laoshidan
[考研] 343求调剂 +5 爱羁绊 2026-03-28 5/250 2026-03-28 20:53 by 唐沐儿
[考研] 291求调剂 +15 hhhhxn.. 2026-03-23 21/1050 2026-03-28 11:26 by self2008
[考研] 286求调剂 +4 丢掉懒惰 2026-03-27 7/350 2026-03-28 08:07 by baoball
[考研] 285求调剂 +4 AZMK 2026-03-27 7/350 2026-03-27 20:59 by AZMK
[考研] 一志愿南师大0703化学 275求调剂 +4 Ripcord上岸 2026-03-27 4/200 2026-03-27 17:00 by zhyzzh
[考研] 安徽大学专硕生物与医药专业(086000)324分,英语已过四六级,六级521,求调剂 +4 美味可乐鸡翅 2026-03-26 4/200 2026-03-27 15:27 by 星空星月
[考研] 材料调剂 +8 匹克i 2026-03-23 8/400 2026-03-27 08:11 by hypershenger
[考研] 289求调剂 +17 硕星赴 2026-03-23 17/850 2026-03-26 16:18 by 不吃魚的貓
[考研] 打过很多竞赛,085406控制工程300分,求调剂 +3 askeladz 2026-03-26 3/150 2026-03-26 09:08 by 给你你注意休息
[考研] 26考研-291分-厦门大学(085601)-柔性电子学院材料工程专业求调剂 +3 min3 2026-03-24 4/200 2026-03-25 18:22 by xcjcqu
[考研] 材料/农业专业,07/08开头均可,过线就行 +3 呵唔哦豁 2026-03-23 4/200 2026-03-23 22:30 by 汪!?!
信息提示
请填处理意见