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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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沙漠猎人

版主 (正式写手)

[求助] 在用amber12做能量分解的时候,遇到F原子或Cl原子,应该做怎样的处理啊,急。 已有1人参与

出现下面的代码。有没有做过的朋友啊,求救
bad atom type: cl
        /home//amber12/bin/sander -O -i sander_com.in -o sander_com.1.out -c ../01_GenerateSnapshots/protein_com.crd.1 -p /home//md/md-18/complex_vac.prmtop not successful
        For details see: https://ambermd.org/Questions/mm ... mand_not_successful
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---木鱼---

木虫 (小有名气)

你好,我现在也遇到了相同的问题,请问你是怎么解决的呀!?有重谢呦~

发自小木虫Android客户端
如果你失败了,证明你已离成功不远了
2楼2016-04-11 09:28:18
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殷赋科技

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

在Amber promtop文件中,Cl原子的写法是Cl(大写C),不是小写的cl。用tleap生成prmtop文件的时候没有遇到问题吗?
3楼2016-04-22 12:06:52
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