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wengpeipei

银虫 (初入文坛)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 351.5
红花: 1
帖子: 19
在线: 49.8小时
虫号: 3055128
注册: 2014-03-15
性别: MM
专业: 理论和计算化学

[求助] NAMD topology文件求助已有1人参与

最近构建了一笼状氨基酸八聚物，现在想用NAMD做下分子动力学模拟，只有pdb文件，想请教各位这种结构的分子该如何写topology文件？

回复此楼

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量化小白

1楼 2016-04-15 20:02:20

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

我无语了123

铜虫 (初入文坛)

应助: 3 (幼儿园)
金币: 55.9
帖子: 23
在线: 16.8小时
虫号: 2931989
注册: 2014-01-14

【答案】应助回帖

官网有专门构建小分子力场的教程，可以去看看，我更愿意使用amber生成小分子力场，然后交给namd来跑，因为amber生成小分子是最智能的

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