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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » NAMD topology文件求助
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wengpeipei

银虫 (初入文坛)

[求助] NAMD topology文件求助 已有1人参与

最近构建了一笼状氨基酸八聚物，现在想用NAMD做下分子动力学模拟，只有pdb文件，想请教各位这种结构的分子该如何写topology文件？
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量化小白
1楼 2016-04-15 20:02:20
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我无语了123

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

官网有专门构建小分子力场的教程，可以去看看，我更愿意使用amber生成小分子力场，然后交给namd来跑，因为amber生成小分子是最智能的
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2楼2016-04-27 11:01:06
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