应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » NAMD topology文件求助
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
21/1返回列表
查看: 476  |  回复: 1
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

wengpeipei

银虫 (初入文坛)

[求助] NAMD topology文件求助 已有1人参与

最近构建了一笼状氨基酸八聚物，现在想用NAMD做下分子动力学模拟，只有pdb文件，想请教各位这种结构的分子该如何写topology文件？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
量化小白
1楼 2016-04-15 20:02:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

我无语了123

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

官网有专门构建小分子力场的教程，可以去看看，我更愿意使用amber生成小分子力场，然后交给namd来跑，因为amber生成小分子是最智能的
赞一下 回复此楼
2楼2016-04-27 11:01:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wengpeipei 的主题更新
21/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 各位老师好，我的一志愿为北京科技大学085601材料专硕 +9 Koxui 2026-03-28 9/450 2026-03-29 20:43 by 无际的草原
[考研] 343求调剂085601 +3 要努力学习x 2026-03-29 3/150 2026-03-29 18:35 by wxiongid
[基金申请] 面上5B能上会吗？ +4 redcom 2026-03-29 4/200 2026-03-29 17:39 by 最爱编纂辞典
[考研] 349求调剂 +6 李木子啊哈哈 2026-03-25 6/300 2026-03-29 12:47 by 无际的草原
[考研] 0856材料化工调剂 总分330 +14 zhubinhao 2026-03-27 14/700 2026-03-29 10:01 by Sjndkwm
[考研] 0703化学 +11 妮妮ninicgb 2026-03-27 11/550 2026-03-29 06:45 by 544594351
[考研] 295求调剂 +4 wei-5 2026-03-26 4/200 2026-03-28 23:20 by 小木虫tim
[考研] 一志愿华理，数一英一285求A区调剂 +8 AZMK 2026-03-25 12/600 2026-03-28 18:15 by AZMK
[考研] 347求调剂 +3 山顶见α 2026-03-25 3/150 2026-03-28 14:13 by 唐沐儿
[考研] 调剂 +3 好好读书。 2026-03-28 3/150 2026-03-28 12:04 by 王保杰33
[考研] 086502化学工程342求调剂 +6 阿姨复古不过 2026-03-27 6/300 2026-03-28 07:06 by wangy0907
[考研] 考研化学308分求调剂 +10 你好明天你好 2026-03-23 12/600 2026-03-27 14:43 by shangxh
[考研] 材料求调剂 +5 .m.. 2026-03-25 5/250 2026-03-27 11:08 by 不吃魚的貓
[考研] 求调剂323材料与化工 +7 1124361 2026-03-24 7/350 2026-03-27 10:22 by wangjy2002
[考研] 一志愿陕师大生物学071000，298分，求调剂 +5 SYA！ 2026-03-23 5/250 2026-03-27 09:29 by 不吃魚的貓
[考研] 一志愿南航 335分 | 0856材料化工 | GPA 4.07 | 有科研经历 +6 cccchenso 2026-03-23 6/300 2026-03-25 22:25 by 544594351
[考研] 334分 一志愿武理-080500 材料求调剂 +4 李李不服输 2026-03-25 4/200 2026-03-25 21:26 by 星空星月
[考研] 上海电力大学材料防护与新材料重点实验室招收调剂研究生（材料、化学、电化学，环境） +4 我爱学电池 2026-03-23 4/200 2026-03-25 00:59 by 1027_324
[考研] 材料专硕找调剂 +5 哈哈哈吼吼吼哈 2026-03-23 5/250 2026-03-24 19:07 by 了了了了。。
[考研] 求老师收我 +3 zzh16938784 2026-03-23 3/150 2026-03-23 12:56 by ztnimte
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭