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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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wengpeipei

银虫 (初入文坛)

[求助] NAMD topology文件求助 已有1人参与

最近构建了一笼状氨基酸八聚物,现在想用NAMD做下分子动力学模拟,只有pdb文件,想请教各位这种结构的分子该如何写topology文件?
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量化小白
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我无语了123

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

官网有专门构建小分子力场的教程,可以去看看,我更愿意使用amber生成小分子力场,然后交给namd来跑,因为amber生成小分子是最智能的
2楼2016-04-27 11:01:06
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