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reachsea

木虫 (正式写手)

小木虫末席科学家

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[求助] 请问grace安装及.xvg文件作图的问题

用 g_traj_mpi -f md.trr -s md.tpr -ox corr.xvg ，显示
Select a group: 1
Selected 1: 'Protein'
trn version: GMX_trn_file (single precision)
Last frame       100 time  100.000
gcq#345: "Everything's formed from particles" (Van der Graaf Generator)

生成的corr.xvg（见附件）内容如下：
# This file was created Sat Aug 22 17:34:17 2015
# by the following command:
# g_traj_mpi -f md.trr -s md.tpr -ox corr.xvg
#
# g_traj_mpi is part of G R O M A C S:
#
# Green Red Orange Magenta Azure Cyan Skyblue
#
@ title "Coordinate"
@ xaxis  label "Time (ps)"
@ yaxis  label "Coordinate (nm)"
@TYPE xy
@ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85
@ legend on
@ legend box on
@ legend loctype view
@ legend 0.78, 0.8
@ legend length 2
@ s0 legend "atom 1 X"
@ s1 legend "atom 1 Y"
@ s2 legend "atom 1 Z"
@ s3 legend "atom 2 X"
@ s4 legend "atom 2 Y"
@ s5 legend "atom 2 Z"
。。。。
0 2.2841 3.21919 1.57952 2.2889 3.31829 1.592 2.37148 3.18791 1.54231 2.21011 3.1936 1.51731 2.27042 3.153 1.71007 2.13451 3.18482 1.77272 2.0032 3.07659 1.70539 2.2957 3.00222 1.70407 2.313 2.956 1.59141 2.2972 2.94273 1.82302 2.32409 2.99168 1.90597 2.29341 2.79686 1.84081 2.38679 2.75272 1.95369 2.52623 2.81339 1.93684 2.3862 2.60008 1.9642 2.61447 2.78591 2.05877 2.14469 2.76732 1.86134 2.07971 2.80809 1.95748 2.09431 2.69239 1.76368 2.14677 2.66791 1.68214 1.95498 2.64739 1.75069 1.9121 2.658 1.60421 1.9399 2.50206 1.7961 1.83622 2.46111 1.84809 2.03637 2.4172 1.76172 2.11951 2.4482 1.7156 2.03482 2.27313 1.79085
。。。。

想做出这个坐标文件表示的构型图，到网上查.xvg文件用什么软件读，说可以用grace, 于是上
http://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/doc/UsersGuide.html
下载了grace-5.1.22.tar 并按照这个网页上的提示在linux下安装，没有成功。make tests过不了。不知道如何安装？ ./configure -h 看了帮助信息，仍不知道怎么设置好。
例如 ./configure --enable-grace-home=/opt/grace --with-extra-incpath=/usr/local/include:/opt/include  --with-extra-ldpath=/usr/local/lib:/opt/lib --prefix=/usr
这句的选项都是什么意思？
我是登陆了一个机器，想着我自己的账户下安装。我自己的目录有一个/local 目录。  我是想建一个grace-5.1.22/目录，将grace安装在这个目录下。
不知道如何编译？如果安装成功后，应该怎么设置环境变量？  由于对linux不懂，所以糊涂中，请大侠赐教！非常感谢！

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附件 1 : corr.xvg

2015-08-22 17:42:53, 799.28 K

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以学术为业。

1楼 2015-08-22 17:44:30

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