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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请问有人使用density分析过数密度吗
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白玉浴血

木虫 (正式写手)

[求助] 请问有人使用density分析过数密度吗 已有1人参与

@    title "Partial densities"
@    xaxis  label "Box (nm)"
@    yaxis  label "Number density (nm\S-3\N)"
请问这里的y轴是什么意思
这里分析的是哪一时刻的结构呢？可不可以分析指定时间的结构的疏密度？
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1楼 2015-09-22 16:44:32
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angjzy

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
白玉浴血: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-09-24 19:15:46
分析的是你输入的轨迹文件的平均值，要分析特定区间就加上 “-b” 开始时间 “-e” 结束时间
不知道如何用命令的时候就g_density -h
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2楼2015-09-23 20:46:10
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白玉浴血

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by angjzy at 2015-09-23 20:46:10
分析的是你输入的轨迹文件的平均值，要分析特定区间就加上 “-b” 开始时间 “-e” 结束时间
不知道如何用命令的时候就g_density -h

请问您有没有分析过回转半径，如果分析过麻烦给指点一下
Reading frame       0 time    0.000   Segmentation fault
这是我的问题
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3楼2015-09-24 19:17:24
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angjzy

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 白玉浴血 at 2015-09-24 19:17:24
请问您有没有分析过回转半径，如果分析过麻烦给指点一下
Reading frame       0 time    0.000   Segmentation fault
这是我的问题...

出现Segmentation fault就是你的轨迹文件xtc或者tpr有错误，你可以用gmxdump检查一下你的轨迹文件
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4楼2015-09-24 23:52:08
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