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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 使用gromacs模拟失真——关键氢键无法形成
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smutao

禁虫 (著名写手)
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11楼2015-05-12 23:40:31
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awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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感谢参与，应助指数 +1
fanc232(abinitio代发): 金币+44, 感谢精彩应助！应楼主要求，奖励金币 2015-05-13 09:03:13
引用回帖:
10楼: Originally posted by fanc232 at 2015-05-12 18:35:56
我昨天在pubmed上搜所有做过我这个结构动力学模拟的、影响因子比较高的文献，然后挨个发email询问。最后只有一位叫Olaf Wiest的老师给回了邮件，找了已经毕业的学长给解答。那位学长说曾遇到过同样的问题，建议我优 ...

把pdb中金属离子、配体和其直接作用的氨基酸单独拿出来（删除其他的残基），另存为pdb.再用antechamber生成高斯的输入文件，使用B3LYP*基组处理来计算下ESP，然后再用antechamber拟合resp电荷，将电荷应用在你的top中，应该就能达到你说的电荷优化的目的。
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12楼2015-05-13 00:26:05
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awaken2013

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by smutao at 2015-05-12 23:40:31
”但是不涉及到化学键的生成和断裂，能量计算等，就没必要“

这个想法是错误的，而且体系了只局限在md领域里面...

我并无否认QMMM不可行。若要是换个力场也能解决的，何乐而不为。杀鸡不用牛刀罢了，也不是每个实验室都有那么多的计算资源。
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13楼2015-05-13 01:03:02
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smutao

禁虫 (著名写手)
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14楼2015-05-13 01:05:07
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fanc232

新虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-05-13 00:26:05
把pdb中金属离子、配体和其直接作用的氨基酸单独拿出来（删除其他的残基），另存为pdb.再用antechamber生成高斯的输入文件，使用B3LYP*基组处理来计算下ESP，然后再用antechamber拟合resp电荷，将电荷应用在你的to ...

厉害啊！
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我很喜欢计算机辅助药物设计
15楼2015-05-13 08:23:19
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fhh2626

木虫 (正式写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-05-13 01:03:02
我并无否认QMMM不可行。若要是换个力场也能解决的，何乐而不为。杀鸡不用牛刀罢了，也不是每个实验室都有那么多的计算资源。...

就这个问题，我认为使用QMMM是完全错误的

氢键的断裂-生成的时间尺度在ns的级别，用只能持续ps的DFT/MM模拟得到的结果没有任何意义 （探索不了足够的相空间）

用半经验方法可以探索ns级别的相空间（即便如此，也只是10ns的级别而已，其实是很难说的），但是问题在于现有的半经验方法不能很好的描述弱相互作用，少数带有弱相互作用修正项的方法（如PM6-DH+）其函数形式会造成势能面的不连续，不适用于MD

而且，半经验的结果很多时候并不如力场准确

就这个问题，我认为LZ应该考虑的是
（1）是否真的形成了氢键？或许LZ模拟得到的才是真实的情况
（2）是否是由于模拟时间不够，体系没有探索足够的相空间
（3）如果都不是，LZ可以改用charmm36或者GROMOS力场试试（gromacs都支持）
（4）如果还不行，参考（1）
（5）如果LZ确定是力场的问题，再使用量化重新计算电荷


如果商业行为还不至于那么令人反感的话，完全不顾别人体系实际情况，为推销自己而进行错误建议的商业行为就有些让人反感了
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16楼2015-05-15 12:55:00
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awaken2013

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by fhh2626 at 2015-05-15 12:55:00
就这个问题，我认为使用QMMM是完全错误的

氢键的断裂-生成的时间尺度在ns的级别，用只能持续ps的DFT/MM模拟得到的结果没有任何意义 （探索不了足够的相空间）

用半经验方法可以探索ns级别的相空间（即便如此 ...

不知PM7计算底物和酶的相互作用如何。我看有些文献上甚至有AM1做的...2012年 不过是计算过渡态的能量。
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17楼2015-05-15 17:57:34
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smutao

禁虫 (著名写手)
送红花一朵
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18楼2015-05-16 03:01:16
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fanc232

新虫 (小有名气)
谢谢楼上的各位热情帮忙！
我费了点时间弄到resp计算结果，调整Zn离子和周围原子的电荷，然后从轨迹上看，整个过程中氢键都很稳定！我再换力场看看！
主要是

我导师的强项是数学和计算机，在求学期间没弄过分子模拟，我读硕士的时候是跟着导师一起，从0开始学的，感觉进步挺慢。看到解答的大都是90年的同学，估计是硕士三年级或者博一的吧。见多识广，经验丰富，这么厉害，我好羡慕啊！
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我很喜欢计算机辅助药物设计
19楼2015-05-16 08:31:26
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