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smutao

禁虫 (著名写手)

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11楼2015-05-12 23:40:31
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awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
fanc232(abinitio代发): 金币+44, 感谢精彩应助!应楼主要求,奖励金币 2015-05-13 09:03:13
引用回帖:
10楼: Originally posted by fanc232 at 2015-05-12 18:35:56
我昨天在pubmed上搜所有做过我这个结构动力学模拟的、影响因子比较高的文献,然后挨个发email询问。最后只有一位叫Olaf Wiest的老师给回了邮件,找了已经毕业的学长给解答。那位学长说曾遇到过同样的问题,建议我优 ...

把pdb中金属离子、配体和其直接作用的氨基酸单独拿出来(删除其他的残基),另存为pdb.再用antechamber生成高斯的输入文件,使用B3LYP*基组处理来计算下ESP,然后再用antechamber拟合resp电荷,将电荷应用在你的top中,应该就能达到你说的电荷优化的目的。
12楼2015-05-13 00:26:05
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awaken2013

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
11楼: Originally posted by smutao at 2015-05-12 23:40:31
”但是不涉及到化学键的生成和断裂,能量计算等,就没必要“

这个想法是错误的,而且体系了只局限在md领域里面...

我并无否认QMMM不可行。若要是换个力场也能解决的,何乐而不为。杀鸡不用牛刀罢了,也不是每个实验室都有那么多的计算资源。
13楼2015-05-13 01:03:02
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smutao

禁虫 (著名写手)

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14楼2015-05-13 01:05:07
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fanc232

新虫 (小有名气)

引用回帖:
12楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-05-13 00:26:05
把pdb中金属离子、配体和其直接作用的氨基酸单独拿出来(删除其他的残基),另存为pdb.再用antechamber生成高斯的输入文件,使用B3LYP*基组处理来计算下ESP,然后再用antechamber拟合resp电荷,将电荷应用在你的to ...

厉害啊!
我很喜欢计算机辅助药物设计
15楼2015-05-13 08:23:19
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fhh2626

木虫 (正式写手)

引用回帖:
13楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-05-13 01:03:02
我并无否认QMMM不可行。若要是换个力场也能解决的,何乐而不为。杀鸡不用牛刀罢了,也不是每个实验室都有那么多的计算资源。...

就这个问题,我认为使用QMMM是完全错误的

氢键的断裂-生成的时间尺度在ns的级别,用只能持续ps的DFT/MM模拟得到的结果没有任何意义 (探索不了足够的相空间)

用半经验方法可以探索ns级别的相空间(即便如此,也只是10ns的级别而已,其实是很难说的),但是问题在于现有的半经验方法不能很好的描述弱相互作用,少数带有弱相互作用修正项的方法(如PM6-DH+)其函数形式会造成势能面的不连续,不适用于MD

而且,半经验的结果很多时候并不如力场准确

就这个问题,我认为LZ应该考虑的是
(1)是否真的形成了氢键?或许LZ模拟得到的才是真实的情况
(2)是否是由于模拟时间不够,体系没有探索足够的相空间
(3)如果都不是,LZ可以改用charmm36或者GROMOS力场试试(gromacs都支持)
(4)如果还不行,参考(1)
(5)如果LZ确定是力场的问题,再使用量化重新计算电荷


如果商业行为还不至于那么令人反感的话,完全不顾别人体系实际情况,为推销自己而进行错误建议的商业行为就有些让人反感了
16楼2015-05-15 12:55:00
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awaken2013

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
16楼: Originally posted by fhh2626 at 2015-05-15 12:55:00
就这个问题,我认为使用QMMM是完全错误的

氢键的断裂-生成的时间尺度在ns的级别,用只能持续ps的DFT/MM模拟得到的结果没有任何意义 (探索不了足够的相空间)

用半经验方法可以探索ns级别的相空间(即便如此 ...

不知PM7计算底物和酶的相互作用如何。我看有些文献上甚至有AM1做的...2012年 不过是计算过渡态的能量。
17楼2015-05-15 17:57:34
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smutao

禁虫 (著名写手)

送红花一朵
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18楼2015-05-16 03:01:16
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fanc232

新虫 (小有名气)

谢谢楼上的各位热情帮忙!
我费了点时间弄到resp计算结果,调整Zn离子和周围原子的电荷,然后从轨迹上看,整个过程中氢键都很稳定!我再换力场看看!
主要是

我导师的强项是数学和计算机,在求学期间没弄过分子模拟,我读硕士的时候是跟着导师一起,从0开始学的,感觉进步挺慢。看到解答的大都是90年的同学,估计是硕士三年级或者博一的吧。见多识广,经验丰富,这么厉害,我好羡慕啊!
我很喜欢计算机辅助药物设计
19楼2015-05-16 08:31:26
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