| 查看: 2482 | 回复: 18 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
fanc232新虫 (小有名气)
|
[求助]
使用gromacs模拟失真——关键氢键无法形成 已有3人参与
|
||
|
如附件图片所示，图中Tyr侧链上羟基H atom本应当和配体上的羰基O atom形成氢键；这是配体-受体的关键作用力之一。 但实际模拟的时候，Tyr侧链的这个H atom很快转了方向，指向Phe的侧链。 我怀疑是不是Phe侧链上的大π电子云把H atom吸引过去的，加上配体附近那个Zn离子排斥，就把这个H atom弄走了。 但总之，模拟中如果连这个关键作用力都会丢失，我就肯定没办法获得准确的动力学数据。 在此请各位大神指点迷津！ 大家有什么想法请尽管说，我现在已经不知道该往哪个方向查资料了。求助求助！  ask.png |
回复此楼» 本帖已获得的红花（最新10朵）
smutao» 猜你喜欢
欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律
已经有73人回复
-
岩土工程学报什么时候才能终审完呐
已经有4人回复
-
时间戳又变了8-15
已经有25人回复
-
2027广东省杰青
已经有6人回复
-
快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。
已经有3人回复
-
哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？
已经有9人回复
-
咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否
已经有26人回复
-
我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人
已经有16人回复
-
有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验）
已经有12人回复
-
招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师
已经有3人回复
awaken2013
铜虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 26 (小学生)
- 金币: 137.9
- 红花: 15
- 帖子: 243
- 在线: 149.6小时
- 虫号: 2854550
- 注册: 2013-12-07
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fanc232(abinitio代发): 金币+44, 感谢精彩应助！应楼主要求，奖励金币 2015-05-13 09:03:13
感谢参与，应助指数 +1
fanc232(abinitio代发): 金币+44, 感谢精彩应助！应楼主要求，奖励金币 2015-05-13 09:03:13
|
把pdb中金属离子、配体和其直接作用的氨基酸单独拿出来（删除其他的残基），另存为pdb.再用antechamber生成高斯的输入文件，使用B3LYP*基组处理来计算下ESP，然后再用antechamber拟合resp电荷，将电荷应用在你的top中，应该就能达到你说的电荷优化的目的。 |
12楼2015-05-13 00:26:05
jerkwin
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +14 - 应助: 454 (硕士)
- 金币: 20659.1
- 散金: 148
- 红花: 81
- 帖子: 813
- 在线: 2648.7小时
- 虫号: 1023452
- 注册: 2010-05-19
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
2楼2015-05-11 20:37:47
fanc232
新虫 (小有名气)
- 应助: 8 (幼儿园)
- 金币: 1238.4
- 散金: 206
- 红花: 3
- 帖子: 253
- 在线: 108.7小时
- 虫号: 1046781
- 注册: 2010-06-24
- 性别: MM
- 专业: 细胞生物学研究中的新方法
3楼2015-05-11 21:11:50
awaken2013
铜虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 26 (小学生)
- 金币: 137.9
- 红花: 15
- 帖子: 243
- 在线: 149.6小时
- 虫号: 2854550
- 注册: 2013-12-07
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
4楼2015-05-12 00:11:36
25