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fanc232新虫 (小有名气)
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[求助]
使用gromacs模拟失真——关键氢键无法形成 已有3人参与
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如附件图片所示，图中Tyr侧链上羟基H atom本应当和配体上的羰基O atom形成氢键；这是配体-受体的关键作用力之一。 但实际模拟的时候，Tyr侧链的这个H atom很快转了方向，指向Phe的侧链。 我怀疑是不是Phe侧链上的大π电子云把H atom吸引过去的，加上配体附近那个Zn离子排斥，就把这个H atom弄走了。 但总之，模拟中如果连这个关键作用力都会丢失，我就肯定没办法获得准确的动力学数据。 在此请各位大神指点迷津！ 大家有什么想法请尽管说，我现在已经不知道该往哪个方向查资料了。求助求助！  ask.png |
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