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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs氢键分析工具，g_hbond输出结果解析？
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jianchen7882

金虫 (小有名气)

[求助] gromacs氢键分析工具，g_hbond输出结果解析？ 已有1人参与

如题，请教各位大神，g_hbond分析工具输出的结果有三列，第一列是时间，后两列是氢键数量，这里分析的是受体和配体拉伸时的氢键数量，请问为啥是两列氢键数量啊？？
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莫问前程有归，但求今生无悔
1楼 2014-06-10 14:50:36
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

jiazhuamh

铜虫 (初入文坛)
★ ★
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-06-17 15:57:27
在Gromacs中判断氢键要满足两个条件，距离和角度，g_hbond统计了满足距离限制（<0.35A)的所有原子对，如果这些原子对也同时满足角度限制（也就是可以判定为氢键）就放入第二列；其余的仅满足距离限制，不满足角度限制的放入第三列。希望能帮到你！
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lao7
所有的未来，赶快都来！
8楼2014-06-15 12:45:21
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jianchen7882: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 答案在后面，挺好的，谢谢 2014-06-14 08:27:43
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-06-17 15:57:08
得出的文件里最上面非数据那几行里有写明是什么，楼主注意打开来看看就知道了
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jianchen7882
2楼2014-06-10 15:09:18
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jianchen7882 at 2014-06-11 09:33:34
第三列还是不懂，还能不能再详细一点啊，谢谢了...

啊，那个应该是隔着0.35nm距离的电子对还是什么对，我也不是很清楚，呵呵
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jianchen7882
6楼2014-06-13 14:58:13
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普通回帖

jianchen7882

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 水儿CoCo at 2014-06-10 15:09:18
得出的文件里最上面非数据那几行里有写明是什么，楼主注意打开来看看就知道了

谢谢，输出参数如下，具体解释一下好吗，谢谢！！1
# This file was created Mon May 26 20:35:37 2014               
# by the following command:               
# g_hbond -f traj.xtc -s pull.tpr -num num.xvg                
#               
# g_hbond is part of G R O M A C S:               
#               
# GROningen Mixture of Alchemy and Childrens' Stories               
#               
"@    title ""Hydrogen Bonds"""               
"@    xaxis  label ""Time (ps)"""               
"@    yaxis  label ""Number"""               
@TYPE xy               
"@ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85"               
@ legend on               
@ legend box on               
@ legend loctype view               
"@ legend 0.78, 0.8"               
@ legend length 2               
"@ s0 legend ""Hydrogen bonds"""               
"@ s1 legend ""Pairs within 0.35 nm"""               
0        1        3
1        1        3
2        2        1
3        4        3
4        3        1
5        2        5
6        3        1
7        3        2
8        3        1
9        3        1
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莫问前程有归，但求今生无悔
3楼2014-06-10 20:35:47
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)
★ ★
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-06-17 15:57:22
引用回帖:
3楼: Originally posted by jianchen7882 at 2014-06-10 20:35:47
谢谢，输出参数如下，具体解释一下好吗，谢谢！！1
# This file was created Mon May 26 20:35:37 2014               
# by the following command:               
# g_hbond -f traj.xtc -s pull.tpr -num num.xvg                
#               
# g_hbond  ...

第一列是时间，第二列是氢键数目，第三列是pairs with 0.35 nm
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jianchen7882
4楼2014-06-10 21:19:02
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jianchen7882

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by 水儿CoCo at 2014-06-10 21:19:02
第一列是时间，第二列是氢键数目，第三列是pairs with 0.35 nm...

第三列还是不懂，还能不能再详细一点啊，谢谢了
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莫问前程有归，但求今生无悔
5楼2014-06-11 09:33:34
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jianchen7882

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by 水儿CoCo at 2014-06-13 14:58:13
啊，那个应该是隔着0.35nm距离的电子对还是什么对，我也不是很清楚，呵呵...

好的，谢谢，差不多了，再给多花吧
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莫问前程有归，但求今生无悔
7楼2014-06-14 08:26:48
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lisuperyao

铁杆木虫 (职业作家)
第三列 是距离为设定之内的数目 一般都是0.35nm 角度就不一定了
另外gromacs如何分析其他种类原子形成的氢键？比如Cl F，貌似自带的指令不支持
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9楼2014-06-16 09:08:53
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jianchen7882

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by lisuperyao at 2014-06-16 09:08:53
第三列 是距离为设定之内的数目 一般都是0.35nm 角度就不一定了
另外gromacs如何分析其他种类原子形成的氢键？比如Cl F，貌似自带的指令不支持

奥，谢谢
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莫问前程有归，但求今生无悔
10楼2014-06-16 19:46:37
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