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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs氢键分析工具，g_hbond输出结果解析？
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Gloriazpp

铜虫 (小有名气)
你好，请问一下，我想分析我的蛋白分子内的氢键变化情况，在选择组分的时候是都选“protein”吗？
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11楼2018-12-28 15:03:17
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lao7

金虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by jiazhuamh at 2014-06-15 12:45:21
在Gromacs中判断氢键要满足两个条件，距离和角度，g_hbond统计了满足距离限制（<0.35A)的所有原子对，如果这些原子对也同时满足角度限制（也就是可以判定为氢键）就放入第二列；其余的仅满足距离限制，不满足 ...

回复的很好！谢谢，一般选择第二列，即满足距离和角度限制的双重条件。
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12楼2020-01-02 10:11:10
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