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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 使用gromacs模拟失真——关键氢键无法形成
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fanc232

新虫 (小有名气)

[求助] 使用gromacs模拟失真——关键氢键无法形成 已有3人参与

如附件图片所示，图中Tyr侧链上羟基H atom本应当和配体上的羰基O atom形成氢键；这是配体-受体的关键作用力之一。
但实际模拟的时候，Tyr侧链的这个H atom很快转了方向，指向Phe的侧链。
我怀疑是不是Phe侧链上的大π电子云把H atom吸引过去的，加上配体附近那个Zn离子排斥，就把这个H atom弄走了。
但总之，模拟中如果连这个关键作用力都会丢失，我就肯定没办法获得准确的动力学数据。
在此请各位大神指点迷津！
大家有什么想法请尽管说，我现在已经不知道该往哪个方向查资料了。求助求助！

使用gromacs模拟失真——关键氢键无法形成
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smutao

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我很喜欢计算机辅助药物设计
1楼 2015-05-11 13:29:50
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

fhh2626

木虫 (正式写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-05-13 01:03:02
我并无否认QMMM不可行。若要是换个力场也能解决的，何乐而不为。杀鸡不用牛刀罢了，也不是每个实验室都有那么多的计算资源。...

就这个问题，我认为使用QMMM是完全错误的

氢键的断裂-生成的时间尺度在ns的级别，用只能持续ps的DFT/MM模拟得到的结果没有任何意义 （探索不了足够的相空间）

用半经验方法可以探索ns级别的相空间（即便如此，也只是10ns的级别而已，其实是很难说的），但是问题在于现有的半经验方法不能很好的描述弱相互作用，少数带有弱相互作用修正项的方法（如PM6-DH+）其函数形式会造成势能面的不连续，不适用于MD

而且，半经验的结果很多时候并不如力场准确

就这个问题，我认为LZ应该考虑的是
（1）是否真的形成了氢键？或许LZ模拟得到的才是真实的情况
（2）是否是由于模拟时间不够，体系没有探索足够的相空间
（3）如果都不是，LZ可以改用charmm36或者GROMOS力场试试（gromacs都支持）
（4）如果还不行，参考（1）
（5）如果LZ确定是力场的问题，再使用量化重新计算电荷


如果商业行为还不至于那么令人反感的话，完全不顾别人体系实际情况，为推销自己而进行错误建议的商业行为就有些让人反感了
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16楼2015-05-15 12:55:00
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普通回帖

jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fanc232(abinitio代发): 金币+2, 鼓励交流 2015-05-12 08:05:01
这和所用的力场有关, 你的立场中没有氢键的项, 不出现氢键也很正常
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2楼2015-05-11 20:37:47
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fanc232

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jerkwin at 2015-05-11 20:37:47
这和所用的力场有关, 你的立场中没有氢键的项, 不出现氢键也很正常

首先谢谢您回复！我使用的AMBER03力场，自己也没什么把握。我查查它的氢键项。
关键作用力中包含几个氢键，貌似就这个没法形成。我再仔细查查。
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我很喜欢计算机辅助药物设计
3楼2015-05-11 21:11:50
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awaken2013

铜虫 (小有名气)
★ ★
fanc232(abinitio代发): 金币+2, 鼓励交流 2015-05-12 08:05:11
ff03模拟的精确度还可以。
光从你这张图来看不能说明什么。如果你的复合物结构中存在有结晶水，确定是不是与水形成了氢键，我认为这个可能性更大。另外你的蛋白是否是复合物晶体，若不是的话，最好先加个限制势，进行一小段时间的模拟，再放开production
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4楼2015-05-12 00:11:36
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smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fanc232(abinitio代发): 金币+2, 鼓励交流 2015-05-12 08:05:22
本帖内容被屏蔽
5楼2015-05-12 04:59:51
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fanc232

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-05-12 00:11:36
ff03模拟的精确度还可以。
光从你这张图来看不能说明什么。如果你的复合物结构中存在有结晶水，确定是不是与水形成了氢键，我认为这个可能性更大。另外你的蛋白是否是复合物晶体，若不是的话，最好先加个限制势，进 ...

谢谢您帮忙！这个起始结构是结晶体。模拟之前保留了结晶水，但起始结构中，这个位置没有结晶水。模拟的过程是，起始结构——能量最小化——限制性nvt——限制性npt——放开production。

看了您的头像我忍不住想说一句题外话。我家明年就要搬到新家了，然后我就可以物色金毛犬幼崽了。多年的梦想就要实现了，想想就开心！
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我很喜欢计算机辅助药物设计
6楼2015-05-12 08:16:59
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fanc232

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by smutao at 2015-05-12 04:59:51
试试QMMM计算
有问题的话联系、回复我

谢谢您回复！导师要我做几十个模拟，用QMMM会不会太耗资源了......
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我很喜欢计算机辅助药物设计
7楼2015-05-12 08:19:54
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smutao

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
8楼2015-05-12 08:23:22
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awaken2013

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by fanc232 at 2015-05-12 08:16:59
谢谢您帮忙！这个起始结构是结晶体。模拟之前保留了结晶水，但起始结构中，这个位置没有结晶水。模拟的过程是，起始结构——能量最小化——限制性nvt——限制性npt——放开production。

看了您的头像我忍不住想 ...

哈哈 金毛可不好养哦
不用NVT，直接NPT,AN模拟退火到从0到你需要的的温度就可以了

如果确定模拟过程中水没有参与到TYR的氢键漂移的话，你可以尝试尝试ff99SB*-ildn力场（可以在gromacs上下载到），或者直接DB下载编译个AMBER14 用amber去跑，ff12是最新也是目前最好amber力场。

QMMM也是另外一个选择。但是不涉及到化学键的生成和断裂，能量计算等，就没必要
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9楼2015-05-12 18:16:27
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fanc232

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-05-12 18:16:27
哈哈 金毛可不好养哦
不用NVT，直接NPT,AN模拟退火到从0到你需要的的温度就可以了

如果确定模拟过程中水没有参与到TYR的氢键漂移的话，你可以尝试尝试ff99SB*-ildn力场（可以在gromacs上下载到），或者直接DB下 ...

我昨天在pubmed上搜所有做过我这个结构动力学模拟的、影响因子比较高的文献，然后挨个发email询问。最后只有一位叫Olaf Wiest的老师给回了邮件，找了已经毕业的学长给解答。那位学长说曾遇到过同样的问题，建议我优化一下 zinc coordinate system的参数，另外把Zn离子以及受体的活性位点周围的电荷拿其它软件再好好优化一下。我听得云里雾里，但学长又没有很多时间给具体指导。请问您做过这些吗？
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我很喜欢计算机辅助药物设计
10楼2015-05-12 18:35:56
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