| 查看: 2219 | 回复: 18 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
fanc232新虫 (小有名气)
|
[求助]
使用gromacs模拟失真——关键氢键无法形成 已有3人参与
|
||
|
如附件图片所示，图中Tyr侧链上羟基H atom本应当和配体上的羰基O atom形成氢键；这是配体-受体的关键作用力之一。 但实际模拟的时候，Tyr侧链的这个H atom很快转了方向，指向Phe的侧链。 我怀疑是不是Phe侧链上的大π电子云把H atom吸引过去的，加上配体附近那个Zn离子排斥，就把这个H atom弄走了。 但总之，模拟中如果连这个关键作用力都会丢失，我就肯定没办法获得准确的动力学数据。 在此请各位大神指点迷津！ 大家有什么想法请尽管说，我现在已经不知道该往哪个方向查资料了。求助求助！  ask.png |
回复此楼» 本帖已获得的红花（最新10朵）
smutao» 猜你喜欢
315求调剂
已经有8人回复
-
312求调剂
已经有5人回复
-
一志愿郑州大学材料与化工085600，求调剂
已经有4人回复
-
315分 085602 求调剂
已经有7人回复
-
298分 070300求调剂
已经有5人回复
-
349求调剂
已经有9人回复
-
302求调剂
已经有4人回复
-
化工调剂303分，过四级
已经有10人回复
-
321求调剂
已经有14人回复
-
296材料专硕求调剂
已经有14人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- gromacs氢键分析工具，g_hbond输出结果解析？
已经有11人回复
- 菜鸟求助。用gromacs的什么指令可以分析氢键能大小？
已经有6人回复
- gromacs结果分析怎样分析氢键能和结合能
已经有12人回复
- Gromacs怎么分析氢键存活时间？
已经有13人回复
|
本帖内容被屏蔽 |
8楼2015-05-12 08:23:22
jerkwin
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +14 - 应助: 454 (硕士)
- 金币: 20699.1
- 散金: 148
- 红花: 81
- 帖子: 813
- 在线: 2648.3小时
- 虫号: 1023452
- 注册: 2010-05-19
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
2楼2015-05-11 20:37:47
fanc232
新虫 (小有名气)
- 应助: 8 (幼儿园)
- 金币: 1238.4
- 散金: 206
- 红花: 3
- 帖子: 253
- 在线: 108.7小时
- 虫号: 1046781
- 注册: 2010-06-24
- 性别: MM
- 专业: 细胞生物学研究中的新方法
3楼2015-05-11 21:11:50
awaken2013
铜虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 26 (小学生)
- 金币: 137.9
- 红花: 15
- 帖子: 243
- 在线: 149.6小时
- 虫号: 2854550
- 注册: 2013-12-07
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
4楼2015-05-12 00:11:36
