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fanc232新虫 (小有名气)
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使用gromacs模拟失真——关键氢键无法形成 已有3人参与
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如附件图片所示，图中Tyr侧链上羟基H atom本应当和配体上的羰基O atom形成氢键；这是配体-受体的关键作用力之一。 但实际模拟的时候，Tyr侧链的这个H atom很快转了方向，指向Phe的侧链。 我怀疑是不是Phe侧链上的大π电子云把H atom吸引过去的，加上配体附近那个Zn离子排斥，就把这个H atom弄走了。 但总之，模拟中如果连这个关键作用力都会丢失，我就肯定没办法获得准确的动力学数据。 在此请各位大神指点迷津！ 大家有什么想法请尽管说，我现在已经不知道该往哪个方向查资料了。求助求助！  ask.png |
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fhh2626
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就这个问题，我认为使用QMMM是完全错误的 氢键的断裂-生成的时间尺度在ns的级别，用只能持续ps的DFT/MM模拟得到的结果没有任何意义 （探索不了足够的相空间） 用半经验方法可以探索ns级别的相空间（即便如此，也只是10ns的级别而已，其实是很难说的），但是问题在于现有的半经验方法不能很好的描述弱相互作用，少数带有弱相互作用修正项的方法（如PM6-DH+）其函数形式会造成势能面的不连续，不适用于MD 而且，半经验的结果很多时候并不如力场准确 就这个问题，我认为LZ应该考虑的是 （1）是否真的形成了氢键？或许LZ模拟得到的才是真实的情况 （2）是否是由于模拟时间不够，体系没有探索足够的相空间 （3）如果都不是，LZ可以改用charmm36或者GROMOS力场试试（gromacs都支持） （4）如果还不行，参考（1） （5）如果LZ确定是力场的问题，再使用量化重新计算电荷 如果商业行为还不至于那么令人反感的话，完全不顾别人体系实际情况，为推销自己而进行错误建议的商业行为就有些让人反感了 |
16楼2015-05-15 12:55:00
jerkwin
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