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fanc232

新虫 (小有名气)

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专业: 细胞生物学研究中的新方法

[求助] 使用gromacs模拟失真——关键氢键无法形成已有3人参与

如附件图片所示，图中Tyr侧链上羟基H atom本应当和配体上的羰基O atom形成氢键；这是配体-受体的关键作用力之一。
但实际模拟的时候，Tyr侧链的这个H atom很快转了方向，指向Phe的侧链。
我怀疑是不是Phe侧链上的大π电子云把H atom吸引过去的，加上配体附近那个Zn离子排斥，就把这个H atom弄走了。
但总之，模拟中如果连这个关键作用力都会丢失，我就肯定没办法获得准确的动力学数据。
在此请各位大神指点迷津！
大家有什么想法请尽管说，我现在已经不知道该往哪个方向查资料了。求助求助！

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smutao

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我很喜欢计算机辅助药物设计

1楼 2015-05-11 13:29:50

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fhh2626

木虫 (正式写手)

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专业: 理论和计算化学

引用回帖:

13楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-05-13 01:03:02
我并无否认QMMM不可行。若要是换个力场也能解决的，何乐而不为。杀鸡不用牛刀罢了，也不是每个实验室都有那么多的计算资源。...

就这个问题，我认为使用QMMM是完全错误的

氢键的断裂-生成的时间尺度在ns的级别，用只能持续ps的DFT/MM模拟得到的结果没有任何意义（探索不了足够的相空间）

用半经验方法可以探索ns级别的相空间（即便如此，也只是10ns的级别而已，其实是很难说的），但是问题在于现有的半经验方法不能很好的描述弱相互作用，少数带有弱相互作用修正项的方法（如PM6-DH+）其函数形式会造成势能面的不连续，不适用于MD

而且，半经验的结果很多时候并不如力场准确

就这个问题，我认为LZ应该考虑的是
（1）是否真的形成了氢键？或许LZ模拟得到的才是真实的情况
（2）是否是由于模拟时间不够，体系没有探索足够的相空间
（3）如果都不是，LZ可以改用charmm36或者GROMOS力场试试（gromacs都支持）
（4）如果还不行，参考（1）
（5）如果LZ确定是力场的问题，再使用量化重新计算电荷

如果商业行为还不至于那么令人反感的话，完全不顾别人体系实际情况，为推销自己而进行错误建议的商业行为就有些让人反感了