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zym765319199

金虫 (小有名气)

[求助] position restrain

求大神指点,如何用backbone 做position restrain

我的思路:先用VMD输出一个蛋白的backbone的pdb文件,用pdb2gmx指令生成gro文件,top文件,porse.itp文件,然后把porse.itp
download,并且删除生成的文件,upload完整的蛋白的pdb文件,用pdb2gmx生成完整蛋白的gro文件。top文件,porse.itp文件,把porse.itp删掉,上传
刚刚download的porse.  itp 文件,然后开始做一般的过程。

但是,抱错了!错误显示为组氨酸没有完整的环!但是组氨酸的环在侧链上,不知道什么原因?求大神指点
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