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fxpy631

铜虫 (小有名气)

[求助] 怎样用VMD软件画出一条MD轨迹中所有构象

就像该图片的效果一样,谢谢

怎样用VMD软件画出一条MD轨迹中所有构象
图片1.jpg
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fxpy631

铜虫 (小有名气)

先用VMD打开一条dcd轨迹文件,在 VMD Main窗口中,选择Graphics/representations/,点击Creat Rep, 点击下面Trajectory, 在 Draw Multiple Frames中,键入0:10,表示前十个构象,键入0:2:10,表示前10个构象每两个取一个,按enter键,可得到这几个构象,但不知道怎样把它们align在一起
2楼2015-08-17 16:34:36
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awaken2013

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fxpy631 at 2015-08-17 16:34:36
先用VMD打开一条dcd轨迹文件,在 VMD Main窗口中,选择Graphics/representations/,点击Creat Rep, 点击下面Trajectory, 在 Draw Multiple Frames中,键入0:10,表示前十个构象,键入0:2:10,表示前10个构象每两 ...

分析--rmsd--align
3楼2015-08-24 00:58:58
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fxpy631

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-08-24 00:58:58
分析--rmsd--align...

选择Extensions/analysis/RMSD Trajectory Tool/下面Add all, 然后 ALIGN即可,谢谢,受你的启发
4楼2015-08-24 09:11:58
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