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fxpy631

铜虫 (小有名气)

[求助] 怎样用VMD软件画出一条MD轨迹中所有构象

就像该图片的效果一样，谢谢

怎样用VMD软件画出一条MD轨迹中所有构象
图片1.jpg
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1楼 2015-08-16 22:25:15
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fxpy631

铜虫 (小有名气)
先用VMD打开一条dcd轨迹文件，在 VMD Main窗口中，选择Graphics/representations/，点击Creat Rep, 点击下面Trajectory, 在 Draw Multiple Frames中，键入0：10，表示前十个构象，键入0：2：10，表示前10个构象每两个取一个，按enter键，可得到这几个构象，但不知道怎样把它们align在一起
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2楼2015-08-17 16:34:36
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awaken2013

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fxpy631 at 2015-08-17 16:34:36
先用VMD打开一条dcd轨迹文件，在 VMD Main窗口中，选择Graphics/representations/，点击Creat Rep, 点击下面Trajectory, 在 Draw Multiple Frames中，键入0：10，表示前十个构象，键入0：2：10，表示前10个构象每两 ...

分析--rmsd--align
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3楼2015-08-24 00:58:58
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fxpy631

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-08-24 00:58:58
分析--rmsd--align...

选择Extensions/analysis/RMSD Trajectory Tool/下面Add all, 然后 ALIGN即可，谢谢，受你的启发
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4楼2015-08-24 09:11:58
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