应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 怎样用VMD软件画出一条MD轨迹中所有构象
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 2382  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

fxpy631

超级版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

[求助] 怎样用VMD软件画出一条MD轨迹中所有构象

就像该图片的效果一样，谢谢

怎样用VMD软件画出一条MD轨迹中所有构象
图片1.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2015-08-16 22:25:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fxpy631

兑换贵宾

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
3楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-08-24 00:58:58
分析--rmsd--align...

选择Extensions/analysis/RMSD Trajectory Tool/下面Add all, 然后 ALIGN即可，谢谢，受你的启发
赞一下 回复此楼
4楼2015-08-24 09:11:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

fxpy631

超级版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
先用VMD打开一条dcd轨迹文件，在 VMD Main窗口中，选择Graphics/representations/，点击Creat Rep, 点击下面Trajectory, 在 Draw Multiple Frames中，键入0：10，表示前十个构象，键入0：2：10，表示前10个构象每两个取一个，按enter键，可得到这几个构象，但不知道怎样把它们align在一起
赞一下 回复此楼
2楼2015-08-17 16:34:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

awaken2013

版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
2楼: Originally posted by fxpy631 at 2015-08-17 16:34:36
先用VMD打开一条dcd轨迹文件，在 VMD Main窗口中，选择Graphics/representations/，点击Creat Rep, 点击下面Trajectory, 在 Draw Multiple Frames中，键入0：10，表示前十个构象，键入0：2：10，表示前10个构象每两 ...

分析--rmsd--align
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2015-08-24 00:58:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0855机械初试280求调剂 +3 kazenotori 2026-03-31 3/150 2026-04-01 10:08 by JourneyLucky
[考研] 314求调剂 +5 1xiaojun23 2026-03-31 5/250 2026-04-01 10:07 by 小安安睡觉
[考研] 282求调剂 +6 呼吸都是减肥 2026-04-01 6/300 2026-04-01 08:58 by laoshidan
[考研] 284求调剂 +10 小熊～～ 2026-03-31 10/500 2026-04-01 08:42 by JourneyLucky
[考研] 307分求调剂 +7 (o~o) 2026-03-31 7/350 2026-04-01 08:20 by JourneyLucky
[考研] 0703一志愿南师大334求调剂 +3 seven7yu 2026-03-30 3/150 2026-04-01 08:08 by zjbkx
[考研] 一志愿北京科技大学材料学硕328分求调剂 +4 1段时间 2026-03-31 5/250 2026-03-31 19:56 by wxiongid
[考研] 299求调剂 +8 嗯嗯嗯嗯2 2026-03-27 8/400 2026-03-31 18:23 by lizhi8172
[考研] 本2一志愿C9-333分，材料科学与工程，求调剂 +9 升升不降 2026-03-31 9/450 2026-03-31 18:01 by 无际的草原
[考研] 330分求调剂 +6 qzenlc 2026-03-29 6/300 2026-03-31 16:44 by Wang200018
[考研] 085601 材料工程 313分 求调剂 +6 Ong3 2026-03-27 6/300 2026-03-31 15:18 by yanflower7133
[考研] 270求调剂 +3 小杰pp 2026-03-31 4/200 2026-03-31 12:59 by wxiongid
[考研] 085600材料与化工调剂 +16 kikiki7 2026-03-30 16/800 2026-03-31 10:03 by 氯化亚硝酰
[考研] 085601一志愿中山大学深圳材料工程330求调剂 +5 pipiver 2026-03-30 5/250 2026-03-31 07:37 by JourneyLucky
[考研] 332求调剂 +6 @MZB382400 2026-03-28 6/300 2026-03-30 16:57 by 无际的草原
[考研] 290求调剂 +3 dfffsar 2026-03-29 3/150 2026-03-29 22:38 by 毛毛毛阿莫2
[考研] 一志愿北京工业大学，324分求调剂 +6 零八# 2026-03-28 6/300 2026-03-29 21:20 by nanaliuyun
[考研] 299求调剂 +10 15188958825 2026-03-25 10/500 2026-03-29 17:51 by 王亮_大连医科大
[考研] 一志愿厦门大学化学学硕307求调剂 +10 y7czhao 2026-03-26 10/500 2026-03-28 14:23 by 唐沐儿
[考研] 085600，材料与化工321分调剂 +4 大馋小子 2026-03-27 6/300 2026-03-27 14:11 by 松花缸1201
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭