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红颜不美

金虫 (正式写手)

[交流] 我想问一下用NAMD软件计算的虫友们，你们的力场参数文件是怎么弄得？ 已有3人参与

想问一下用NAMD计算的虫友们，力场参数是怎么解决的？是自己生成的呢还是改了一些相关的二面角等的信息？？改参数文件的时候你们的依据都来自文献么？文献是怎么查找的呢？谢谢大家解答哦
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namd

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计算模拟biubiu
1楼 2014-08-15 15:01:50
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兰S水晶

银虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
红颜不美: 金币+1 2014-08-27 09:55:59
namd tutorial自带力场包
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2楼2014-08-16 05:35:27
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红颜不美

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 兰S水晶 at 2014-08-16 05:35:27
namd tutorial自带力场包

NAMD 自带的CHARMM力场现在除了22 27 还有别的吗？
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计算模拟biubiu
3楼2014-08-18 19:53:56
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gn02530640

银虫 (小有名气)
★ ★
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红颜不美: 金币+1 2014-08-27 09:54:58
http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml

这里有其他力场可以下载，适用范围要看文献。

如果是要一些关于小分子的力场参数，个人目前是从 swissparam 和 paramchem 来做。

http://www.swissparam.ch/

https://cgenff.paramchem.org/use ... egister_newUser.php
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4楼2014-08-26 17:30:09
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红颜不美

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by gn02530640 at 2014-08-26 17:30:09
http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml

这里有其他力场可以下载，适用范围要看文献。

如果是要一些关于小分子的力场参数，个人目前是从 swissparam 和 paramchem 来做。

http://www.swissparam. ...

好的 谢谢您的回答
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计算模拟biubiu
5楼2014-08-27 09:54:53
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mutong1

金虫 (初入文坛)
★ ★
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红颜不美: 金币+1 2014-08-28 08:29:09
VMD 中有一个插件是Force Field Toolkit (FFTK)可以生成力场参数。
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6楼2014-08-27 23:40:14
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红颜不美

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by mutong1 at 2014-08-27 23:40:14
VMD 中有一个插件是Force Field Toolkit (FFTK)可以生成力场参数。

这个我还没用过 有那么强大？生成的力场参数是charmm力场的吗
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计算模拟biubiu
7楼2014-08-28 08:28:53
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mutong1

金虫 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
红颜不美: 金币+1 2014-08-28 08:38:34
红颜不美: 金币+1 2014-08-28 09:59:33
引用回帖:
7楼: Originally posted by 红颜不美 at 2014-08-28 08:28:53
这个我还没用过 有那么强大？生成的力场参数是charmm力场的吗...

是Charmm力场，Namd可以用的。
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/fftk/
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8楼2014-08-28 08:34:50
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红颜不美

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by mutong1 at 2014-08-28 08:34:50
是Charmm力场，Namd可以用的。
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/fftk/...

谢谢
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计算模拟biubiu
9楼2014-08-28 08:38:23
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红颜不美

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by gn02530640 at 2014-08-26 17:30:09
http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml

这里有其他力场可以下载，适用范围要看文献。

如果是要一些关于小分子的力场参数，个人目前是从 swissparam 和 paramchem 来做。

http://www.swissparam. ...

我想问一下您用parachem生成 小分子力场其penalty值过大 这个有什么解决方法吗 ？
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计算模拟biubiu
10楼2014-09-23 11:07:08
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