应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 我想问一下用NAMD软件计算的虫友们，你们的力场参数文件是怎么弄得？
51/1返回列表
查看: 3374  |  回复: 14
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

红颜不美

金虫 (正式写手)

[交流] 我想问一下用NAMD软件计算的虫友们，你们的力场参数文件是怎么弄得？ 已有3人参与

想问一下用NAMD计算的虫友们，力场参数是怎么解决的？是自己生成的呢还是改了一些相关的二面角等的信息？？改参数文件的时候你们的依据都来自文献么？文献是怎么查找的呢？谢谢大家解答哦
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

namd

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
计算模拟biubiu
1楼 2014-08-15 15:01:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

红颜不美

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 兰S水晶 at 2014-08-16 05:35:27
namd tutorial自带力场包

NAMD 自带的CHARMM力场现在除了22 27 还有别的吗？
赞一下 回复此楼
计算模拟biubiu
3楼2014-08-18 19:53:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 15 个回答

兰S水晶

银虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
红颜不美: 金币+1 2014-08-27 09:55:59
namd tutorial自带力场包
赞一下 回复此楼
2楼2014-08-16 05:35:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gn02530640

银虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
红颜不美: 金币+1 2014-08-27 09:54:58
http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml

这里有其他力场可以下载，适用范围要看文献。

如果是要一些关于小分子的力场参数，个人目前是从 swissparam 和 paramchem 来做。

http://www.swissparam.ch/

https://cgenff.paramchem.org/use ... egister_newUser.php
赞一下 回复此楼
4楼2014-08-26 17:30:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

红颜不美

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by gn02530640 at 2014-08-26 17:30:09
http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml

这里有其他力场可以下载，适用范围要看文献。

如果是要一些关于小分子的力场参数，个人目前是从 swissparam 和 paramchem 来做。

http://www.swissparam. ...

好的 谢谢您的回答
赞一下 回复此楼
计算模拟biubiu
5楼2014-08-27 09:54:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 15 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 6/300 2026-09-16 16:00 by i3KBRD19ERkG
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 5/250 2026-09-16 15:48 by i3KBRD19ERkG
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 6/300 2026-09-16 14:27 by i3KBRD19ERkG
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 4/200 2026-09-16 07:48 by i0IGWqQuchto
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 3/150 2026-09-16 07:12 by LH5NkK5Ud4bh
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 0pYnUiPDfdnk 2026-09-14 3/150 2026-09-16 06:51 by LH5NkK5Ud4bh
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 40ms4Wlo4umh 2026-09-14 4/200 2026-09-16 06:36 by LH5NkK5Ud4bh
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-16 05:27 by LH5NkK5Ud4bh
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 6/300 2026-09-16 03:50 by DgNGHc3h5tPl
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 7/350 2026-09-16 03:26 by DgNGHc3h5tPl
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +7 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 8/400 2026-09-16 02:23 by DgNGHc3h5tPl
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 3/150 2026-09-15 20:26 by zNcEhTcH7ihq
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 17:59 by CgyNCDVNhGVg
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-15 16:59 by CgyNCDVNhGVg
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-15 14:34 by VMDqgnlKimtZ
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +6 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 7/350 2026-09-15 14:22 by VMDqgnlKimtZ
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-15 07:50 by C79jjtjAKjEn
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 6/300 2026-09-15 05:38 by 5BDX0d0WFp7t
[基金申请] 求教各位大神：2026教育部人文社科青年基金项目何时公示呀？ +5 云宴山人 2026-09-10 7/350 2026-09-14 12:11 by ecnu2013
[考博] 西北工业大学材料学院电化学传感与催化课题组招收2027年推免研究生、博士生、博士后 +3 马方园 2026-09-10 4/200 2026-09-14 09:29 by Chem张zz
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭