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我想问一下用NAMD软件计算的虫友们，你们的力场参数文件是怎么弄得？ 已有3人参与
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| 想问一下用NAMD计算的虫友们，力场参数是怎么解决的？是自己生成的呢还是改了一些相关的二面角等的信息？？改参数文件的时候你们的依据都来自文献么？文献是怎么查找的呢？谢谢大家解答哦 |
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 namd |
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2楼2014-08-16 05:35:27
3楼2014-08-18 19:53:56
gn02530640
银虫 (小有名气)
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红颜不美: 金币+1 2014-08-27 09:54:58
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红颜不美: 金币+1 2014-08-27 09:54:58
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http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml 这里有其他力场可以下载，适用范围要看文献。 如果是要一些关于小分子的力场参数，个人目前是从 swissparam 和 paramchem 来做。 http://www.swissparam.ch/ https://cgenff.paramchem.org/use ... egister_newUser.php |
4楼2014-08-26 17:30:09
5楼2014-08-27 09:54:53
6楼2014-08-27 23:40:14
7楼2014-08-28 08:28:53
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是Charmm力场，Namd可以用的。 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/fftk/ |
8楼2014-08-28 08:34:50
9楼2014-08-28 08:38:23
10楼2014-09-23 11:07:08