| 查看: 1398 | 回复: 4 | ||||
[交流]
AMBER力场 improper 参数 在NAMD中不能被读入（0 IMPROPER）
|
||||
|
我用amber力场（ff12SB, ff99SB两个都试过了）在NAMD中跑MD，在NAMD输出log文件中，显示 0 IMPROPER，如下： PARM file in AMBER 7 format Warning: Skipping ATOMIC_NUMBER in parm file while seeking MASS. Warning: Encounter 10-12 H-bond term Warning: Found 87876 H-H bonds. Info: LONG-RANGE LJ: APPLYING ANALYTICAL CORRECTIONS TO ENERGY AND PRESSURE Info: LONG-RANGE LJ: AVERAGE A AND B COEFFICIENTS -1.95755e+07 AND -18374.1 Info: SUMMARY OF PARAMETERS: Info: 104 BONDS Info: 219 ANGLES Info: 139 DIHEDRAL Info: 0 IMPROPER Info: 0 CROSSTERM Info: 0 VDW Info: 325 VDW_PAIRS Info: 0 NBTHOLE_PAIRS Info: READING EXTRA BONDS FILE restraints/step6.1_equilibration.dihe Info: READ 524 EXTRA DIHEDRALS Info: READ 524 EXTRA IMPROPERS Info: TIME FOR READING PDB FILE: 9.53674e-07 Info: Info: **************************** Info: STRUCTURE SUMMARY: Info: 381982 ATOMS Info: 381366 BONDS Info: 221289 ANGLES Info: 455628 DIHEDRALS Info: 0 IMPROPERS Info: 0 CROSSTERMS Info: 914447 EXCLUSIONS Info: 330613 RIGID BONDS Info: 815333 DEGREES OF FREEDOM Info: 139245 HYDROGEN GROUPS Info: 4 ATOMS IN LARGEST HYDROGEN GROUP Info: 139245 MIGRATION GROUPS Info: 4 ATOMS IN LARGEST MIGRATION GROUP Info: TOTAL MASS = 2.33708e+06 amu Info: TOTAL CHARGE = -0.00574125 e Info: MASS DENSITY = 0.994389 g/cm^3 Info: ATOM DENSITY = 0.0978737 atoms/A^3 Info: ***************************** 如上所示，在parameter summary 和 structure summary中，IMPROPER 一项为 0 ！！ 我试过两个力场ff99SB，ff12SB，及 AmberTool1.2、 AmberTool15两个版本，用来生成.prmtop （leap 显示存在 IMPROPER） 结果NAMD读出的IMPROPER都是0 ，虽然NAMD可以正常运行！ 经测试，发现：若用CHARMM力场在NAMD跑，确实给出了相应的IMPROPER数 请问 有没有人 注意到这个奇葩的现象呢？  1. 难道NAMD读AMBER力场时已将IMPROPER纳入到DIHEDRAL了？ 2. 还是压根就是程序本身的bug，果真如此，NAMD跑出的结果就是不对了？ 求解 求解～  |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 科研之宝，所向披靡 |
» 猜你喜欢
323求调剂
已经有6人回复
-
一志愿北京化工大学 070300 学硕 336分 求调剂
已经有4人回复
-
352求调剂
已经有3人回复
-
一志愿东华大学化学070300，求调剂
已经有8人回复
-
277材料科学与工程080500求调剂
已经有7人回复
-
317求调剂
已经有18人回复
-
293求调剂
已经有5人回复
-
280分求调剂 一志愿085802
已经有7人回复
-
0854电子信息求调剂
已经有3人回复
-
263求调剂
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
中国科学院杭州医学研究-常皓研究员课题组博士后招聘
+1/277
-
绍兴大学博士教师招聘1位（化学化工相关）
+5/260
-
祈福中标
+1/233
-
中飞院航空锂电池团队接受硕士生调剂
+1/86
-
济南大学林秀娟教授招收材料类博士生
+1/83
-
“双一流”高校化工类博士“申请-考核”招生 江苏南京
+5/65
-
江苏科技大学能源材料化学课题组郭兴梅教授招收博士研究生1-2名
+1/44
-
哈尔滨工业大学（深圳）-何自开教授团队诚招化学工程与技术专业博士研究生
+1/38
-
催化方向推荐一个极好的博导
+1/33
-
1
+1/31
-
上海交大化院功能大分子团队招2026年硕士、联培、博士后
+1/31
-
巴黎西岱大学（Université Paris Cité）Fayna MAMMERI 导师寻找CSC公派博士生
+1/22
-
南昌航空大学代威力教授招收光催化和光热催化研究方向博士生
+1/7
-
【博士招生】武汉科技大学招收材料、化工、环境、冶金类2026年“申请-考核”制博士生
+1/6
-
深圳信息职业大学招聘联合培养硕博研究生（急）
+1/6
-
大连海事大学船舶洁净能源研究中心2026年博士研究生招生启事
+1/6
-
211/双一流---石河子大学---有机化学方向招调剂生
+1/5
-
总分265计算机求跨调环境
+1/3
-
天津大学理学院分离分析及功能材料研究组
+1/2
-
MTI 380调剂
+1/1
★ ★ ★
vip_zzc(金币+2): 谢谢参与
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-02-18 18:27:42
vip_zzc(金币+2): 谢谢参与
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-02-18 18:27:42
|
本帖内容被屏蔽 |
3楼2014-02-18 17:28:47
4楼2014-02-18 20:31:52
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-19 11:01:55
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-19 11:01:55
|
grep FLAG .prmtop 后 %FLAG TITLE %FLAG POINTERS %FLAG ATOM_NAME %FLAG CHARGE %FLAG ATOMIC_NUMBER %FLAG MASS %FLAG ATOM_TYPE_INDEX %FLAG NUMBER_EXCLUDED_ATOMS %FLAG NONBONDED_PARM_INDEX %FLAG RESIDUE_LABEL %FLAG RESIDUE_POINTER %FLAG BOND_FORCE_CONSTANT %FLAG BOND_EQUIL_VALUE %FLAG ANGLE_FORCE_CONSTANT %FLAG ANGLE_EQUIL_VALUE %FLAG DIHEDRAL_FORCE_CONSTANT %FLAG DIHEDRAL_PERIODICITY %FLAG DIHEDRAL_PHASE %FLAG SCEE_SCALE_FACTOR %FLAG SCNB_SCALE_FACTOR %FLAG SOLTY %FLAG LENNARD_JONES_ACOEF %FLAG LENNARD_JONES_BCOEF %FLAG BONDS_INC_HYDROGEN %FLAG BONDS_WITHOUT_HYDROGEN %FLAG ANGLES_INC_HYDROGEN %FLAG ANGLES_WITHOUT_HYDROGEN %FLAG DIHEDRALS_INC_HYDROGEN %FLAG DIHEDRALS_WITHOUT_HYDROGEN %FLAG EXCLUDED_ATOMS_LIST %FLAG HBOND_ACOEF %FLAG HBOND_BCOEF %FLAG HBCUT %FLAG AMBER_ATOM_TYPE %FLAG TREE_CHAIN_CLASSIFICATION %FLAG JOIN_ARRAY %FLAG IROTAT %FLAG RADIUS_SET %FLAG RADII %FLAG SCREEN %FLAG IPOL 我们会发现在amber .prmtop文件中，并没有IMPROPER这一标识，说明AMBER应该是将 IMPROPER 和 PROPER 整合在一起了，NAMD根据FLAG读取amber力场参数，故只能得到 DIHEDRAL，我认为 NAMD .log 输出中给出的 DIHEDRAL = PROPER + IMPROPER （当然，这是对amber FF作为输入而言） 转 http://simulation.haotui.com/thread-45212-1-1.html |
5楼2014-02-18 21:22:52
简单回复
2014-02-18 15:55
回复
vip_zzc(金币+2): 谢谢参与
1 [ 发自小木虫客户端 ]
