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AMBER力场 improper 参数 在NAMD中不能被读入（0 IMPROPER）
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我用amber力场（ff12SB, ff99SB两个都试过了）在NAMD中跑MD，在NAMD输出log文件中，显示 0 IMPROPER，如下： PARM file in AMBER 7 format Warning: Skipping ATOMIC_NUMBER in parm file while seeking MASS. Warning: Encounter 10-12 H-bond term Warning: Found 87876 H-H bonds. Info: LONG-RANGE LJ: APPLYING ANALYTICAL CORRECTIONS TO ENERGY AND PRESSURE Info: LONG-RANGE LJ: AVERAGE A AND B COEFFICIENTS -1.95755e+07 AND -18374.1 Info: SUMMARY OF PARAMETERS: Info: 104 BONDS Info: 219 ANGLES Info: 139 DIHEDRAL Info: 0 IMPROPER Info: 0 CROSSTERM Info: 0 VDW Info: 325 VDW_PAIRS Info: 0 NBTHOLE_PAIRS Info: READING EXTRA BONDS FILE restraints/step6.1_equilibration.dihe Info: READ 524 EXTRA DIHEDRALS Info: READ 524 EXTRA IMPROPERS Info: TIME FOR READING PDB FILE: 9.53674e-07 Info: Info: **************************** Info: STRUCTURE SUMMARY: Info: 381982 ATOMS Info: 381366 BONDS Info: 221289 ANGLES Info: 455628 DIHEDRALS Info: 0 IMPROPERS Info: 0 CROSSTERMS Info: 914447 EXCLUSIONS Info: 330613 RIGID BONDS Info: 815333 DEGREES OF FREEDOM Info: 139245 HYDROGEN GROUPS Info: 4 ATOMS IN LARGEST HYDROGEN GROUP Info: 139245 MIGRATION GROUPS Info: 4 ATOMS IN LARGEST MIGRATION GROUP Info: TOTAL MASS = 2.33708e+06 amu Info: TOTAL CHARGE = -0.00574125 e Info: MASS DENSITY = 0.994389 g/cm^3 Info: ATOM DENSITY = 0.0978737 atoms/A^3 Info: ***************************** 如上所示，在parameter summary 和 structure summary中，IMPROPER 一项为 0 ！！ 我试过两个力场ff99SB，ff12SB，及 AmberTool1.2、 AmberTool15两个版本，用来生成.prmtop （leap 显示存在 IMPROPER） 结果NAMD读出的IMPROPER都是0 ，虽然NAMD可以正常运行！ 经测试，发现：若用CHARMM力场在NAMD跑，确实给出了相应的IMPROPER数 请问 有没有人 注意到这个奇葩的现象呢？  1. 难道NAMD读AMBER力场时已将IMPROPER纳入到DIHEDRAL了？ 2. 还是压根就是程序本身的bug，果真如此，NAMD跑出的结果就是不对了？ 求解 求解～  |
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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-19 11:01:55
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-19 11:01:55
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grep FLAG .prmtop 后 %FLAG TITLE %FLAG POINTERS %FLAG ATOM_NAME %FLAG CHARGE %FLAG ATOMIC_NUMBER %FLAG MASS %FLAG ATOM_TYPE_INDEX %FLAG NUMBER_EXCLUDED_ATOMS %FLAG NONBONDED_PARM_INDEX %FLAG RESIDUE_LABEL %FLAG RESIDUE_POINTER %FLAG BOND_FORCE_CONSTANT %FLAG BOND_EQUIL_VALUE %FLAG ANGLE_FORCE_CONSTANT %FLAG ANGLE_EQUIL_VALUE %FLAG DIHEDRAL_FORCE_CONSTANT %FLAG DIHEDRAL_PERIODICITY %FLAG DIHEDRAL_PHASE %FLAG SCEE_SCALE_FACTOR %FLAG SCNB_SCALE_FACTOR %FLAG SOLTY %FLAG LENNARD_JONES_ACOEF %FLAG LENNARD_JONES_BCOEF %FLAG BONDS_INC_HYDROGEN %FLAG BONDS_WITHOUT_HYDROGEN %FLAG ANGLES_INC_HYDROGEN %FLAG ANGLES_WITHOUT_HYDROGEN %FLAG DIHEDRALS_INC_HYDROGEN %FLAG DIHEDRALS_WITHOUT_HYDROGEN %FLAG EXCLUDED_ATOMS_LIST %FLAG HBOND_ACOEF %FLAG HBOND_BCOEF %FLAG HBCUT %FLAG AMBER_ATOM_TYPE %FLAG TREE_CHAIN_CLASSIFICATION %FLAG JOIN_ARRAY %FLAG IROTAT %FLAG RADIUS_SET %FLAG RADII %FLAG SCREEN %FLAG IPOL 我们会发现在amber .prmtop文件中，并没有IMPROPER这一标识，说明AMBER应该是将 IMPROPER 和 PROPER 整合在一起了，NAMD根据FLAG读取amber力场参数，故只能得到 DIHEDRAL，我认为 NAMD .log 输出中给出的 DIHEDRAL = PROPER + IMPROPER （当然，这是对amber FF作为输入而言） 转 http://simulation.haotui.com/thread-45212-1-1.html |
5楼2014-02-18 21:22:52
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vip_zzc(金币+2): 谢谢参与
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-02-18 18:27:42
vip_zzc(金币+2): 谢谢参与
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-02-18 18:27:42
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本帖内容被屏蔽 |
3楼2014-02-18 17:28:47
4楼2014-02-18 20:31:52
简单回复
2014-02-18 15:55
回复
vip_zzc(金币+2): 谢谢参与
1 [ 发自小木虫客户端 ]
