应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » AMBER力场 improper 参数 在NAMD中不能被读入（0 IMPROPER）
51/1返回列表
查看: 1432  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

vip_zzc

铜虫 (小有名气)

[交流] AMBER力场 improper 参数 在NAMD中不能被读入（0 IMPROPER）

我用amber力场（ff12SB, ff99SB两个都试过了）在NAMD中跑MD，在NAMD输出log文件中，显示 0 IMPROPER，如下：

PARM file in AMBER 7 format
Warning: Skipping ATOMIC_NUMBER in parm file while seeking MASS.
Warning: Encounter 10-12 H-bond term
Warning: Found 87876 H-H bonds.
Info: LONG-RANGE LJ: APPLYING ANALYTICAL CORRECTIONS TO ENERGY AND PRESSURE
Info: LONG-RANGE LJ: AVERAGE A AND B COEFFICIENTS -1.95755e+07 AND -18374.1
Info: SUMMARY OF PARAMETERS:
Info: 104 BONDS
Info: 219 ANGLES
Info: 139 DIHEDRAL
Info: 0 IMPROPER
Info: 0 CROSSTERM
Info: 0 VDW
Info: 325 VDW_PAIRS
Info: 0 NBTHOLE_PAIRS
Info: READING EXTRA BONDS FILE restraints/step6.1_equilibration.dihe
Info: READ 524 EXTRA DIHEDRALS
Info: READ 524 EXTRA IMPROPERS
Info: TIME FOR READING PDB FILE: 9.53674e-07
Info:
Info: ****************************
Info: STRUCTURE SUMMARY:
Info: 381982 ATOMS
Info: 381366 BONDS
Info: 221289 ANGLES
Info: 455628 DIHEDRALS
Info: 0 IMPROPERS
Info: 0 CROSSTERMS
Info: 914447 EXCLUSIONS
Info: 330613 RIGID BONDS
Info: 815333 DEGREES OF FREEDOM
Info: 139245 HYDROGEN GROUPS
Info: 4 ATOMS IN LARGEST HYDROGEN GROUP
Info: 139245 MIGRATION GROUPS
Info: 4 ATOMS IN LARGEST MIGRATION GROUP
Info: TOTAL MASS = 2.33708e+06 amu
Info: TOTAL CHARGE = -0.00574125 e
Info: MASS DENSITY = 0.994389 g/cm^3
Info: ATOM DENSITY = 0.0978737 atoms/A^3
Info: *****************************

如上所示，在parameter summary 和 structure summary中，IMPROPER 一项为 0 ！！
我试过两个力场ff99SB，ff12SB，及 AmberTool1.2、 AmberTool15两个版本，用来生成.prmtop （leap 显示存在 IMPROPER）
结果NAMD读出的IMPROPER都是0 ，虽然NAMD可以正常运行！

经测试，发现：若用CHARMM力场在NAMD跑，确实给出了相应的IMPROPER数
请问 有没有人 注意到这个奇葩的现象呢？
1. 难道NAMD读AMBER力场时已将IMPROPER纳入到DIHEDRAL了？
2. 还是压根就是程序本身的bug，果真如此，NAMD跑出的结果就是不对了？

求解 求解～
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

科研之宝，所向披靡

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2014-02-18 15:46:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★ ★
vip_zzc(金币+2): 谢谢参与
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-02-18 18:27:42
本帖内容被屏蔽
3楼2014-02-18 17:28:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vip_zzc

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by smutao at 2014-02-18 17:28:47
请楼主参见
RUN NAMD with Amber Force Field
http://ambermd.org/namd/namd_amber.html
里面好像有讲到楼主的那个问题

这个之前就看过了，主要说明是用AMBER力场时，在NAMD配置文件应该如何对相应选项进行设置的问题。
但并未提到我所描述的问题。。
不过，仍然感谢你的回复~~
赞一下 回复此楼
4楼2014-02-18 20:31:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vip_zzc

铜虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-19 11:01:55
引用回帖:
4楼: Originally posted by vip_zzc at 2014-02-18 20:31:52
这个之前就看过了，主要说明是用AMBER力场时，在NAMD配置文件应该如何对相应选项进行设置的问题。
但并未提到我所描述的问题。。
不过，仍然感谢你的回复~~...

grep FLAG .prmtop 后
%FLAG TITLE                                                                     
%FLAG POINTERS                                                                  
%FLAG ATOM_NAME                                                                 
%FLAG CHARGE                                                                    
%FLAG ATOMIC_NUMBER                                                            
%FLAG MASS                                                                     
%FLAG ATOM_TYPE_INDEX                                                           
%FLAG NUMBER_EXCLUDED_ATOMS                                                     
%FLAG NONBONDED_PARM_INDEX                                                      
%FLAG RESIDUE_LABEL                                                            
%FLAG RESIDUE_POINTER                                                           
%FLAG BOND_FORCE_CONSTANT                                                      
%FLAG BOND_EQUIL_VALUE                                                         
%FLAG ANGLE_FORCE_CONSTANT                                                      
%FLAG ANGLE_EQUIL_VALUE                                                         
%FLAG DIHEDRAL_FORCE_CONSTANT                                                   
%FLAG DIHEDRAL_PERIODICITY                                                      
%FLAG DIHEDRAL_PHASE                                                            
%FLAG SCEE_SCALE_FACTOR                                                         
%FLAG SCNB_SCALE_FACTOR                                                         
%FLAG SOLTY                                                                     
%FLAG LENNARD_JONES_ACOEF                                                      
%FLAG LENNARD_JONES_BCOEF                                                      
%FLAG BONDS_INC_HYDROGEN                                                        
%FLAG BONDS_WITHOUT_HYDROGEN                                                   
%FLAG ANGLES_INC_HYDROGEN                                                      
%FLAG ANGLES_WITHOUT_HYDROGEN                                                   
%FLAG DIHEDRALS_INC_HYDROGEN                                                   
%FLAG DIHEDRALS_WITHOUT_HYDROGEN                                                
%FLAG EXCLUDED_ATOMS_LIST                                                      
%FLAG HBOND_ACOEF                                                               
%FLAG HBOND_BCOEF                                                               
%FLAG HBCUT                                                                     
%FLAG AMBER_ATOM_TYPE                                                           
%FLAG TREE_CHAIN_CLASSIFICATION                                                
%FLAG JOIN_ARRAY                                                               
%FLAG IROTAT                                                                    
%FLAG RADIUS_SET                                                               
%FLAG RADII                                                                     
%FLAG SCREEN                                                                    
%FLAG IPOL
我们会发现在amber .prmtop文件中，并没有IMPROPER这一标识，说明AMBER应该是将
IMPROPER 和 PROPER 整合在一起了，NAMD根据FLAG读取amber力场参数，故只能得到
DIHEDRAL，我认为 NAMD .log 输出中给出的 DIHEDRAL = PROPER + IMPROPER
（当然，这是对amber FF作为输入而言）

转 http://simulation.haotui.com/thread-45212-1-1.html
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2014-02-18 21:22:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
kiss200855372楼
2014-02-18 15:55   回复  
vip_zzc(金币+2): 谢谢参与
1 [ 发自小木虫客户端 ]
相关版块跳转 我要订阅楼主 vip_zzc 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[有机交流] 二苯甲酮酸类衍生物 50+3 小白爱主人 2026-04-17 6/300 2026-04-17 18:47 by kf2781974
[考研] 一志愿沪9，326求生物学调剂 +11 刘墨墨 2026-04-13 11/550 2026-04-17 15:35 by wanganpin
[考研] 335求调剂 +20 想上岸呀！！ 2026-04-12 23/1150 2026-04-17 10:50 by cuisz
[考研] 279求调剂 +13 张番茄不炒蛋 2026-04-11 13/650 2026-04-17 10:38 by cuisz
[考研] 收到复试调剂但是去不了 +6 小蜗牛* 2026-04-16 6/300 2026-04-17 10:05 by 涵竹刘
[考研] 291求调剂 +11 关忆北. 2026-04-14 11/550 2026-04-16 15:18 by jiahl2024
[基金申请] RY：中国产出的科学垃圾论文，绝对数量和比例都世界第一 +7 zju2000 2026-04-14 18/900 2026-04-16 11:36 by 欢乐颂叶蓁
[考研] 327求调剂 +26 Xxjc1107. 2026-04-13 29/1450 2026-04-16 10:52 by Espannnnnol
[考研] 290调剂生物0860 +38 哇哈哈，。 2026-04-11 44/2200 2026-04-16 09:52 by cuisz
[考研] 求调剂推荐 +8 小聂爱学习 2026-04-14 8/400 2026-04-16 07:22 by 学员JpLReM
[考研] 求调剂 +11 小聂爱学习 2026-04-11 15/750 2026-04-15 21:57 by noqvsozv
[考研] 297工科调剂? +14 河南农业大学-能 2026-04-13 15/750 2026-04-15 13:25 by 黑科技矿业
[考研] 211本科材料化工求调剂 +19 YHLAH 2026-04-11 23/1150 2026-04-14 22:25 by fenglj492
[考研] 245求调剂 +6 冰糖橘?汽水 2026-04-13 10/500 2026-04-14 10:49 by jyl0317
[考研] 农学0904 312求调剂 +4 Say Never 2026-04-11 4/200 2026-04-14 09:10 by zs92450
[考研] 考研英一数一338分 +9 长江大学东校区 2026-04-13 10/500 2026-04-14 00:41 by 王珺璞
[考研] 求调剂，985材料与化工348分 +9 涵竹刘 2026-04-11 14/700 2026-04-13 22:26 by 涵竹刘
[考研] B区0809 ，数一英一，290 求调剂 +3 泠潍1111 2026-04-12 4/200 2026-04-13 20:35 by 学员JpLReM
[考研] 339求调剂 +8 hanwudada 2026-04-11 9/450 2026-04-12 15:36 by laoshidan
[考研] 调剂 +5 文道星台 2026-04-11 5/250 2026-04-11 15:01 by 凯凯要变帅
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭