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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » AMBER力场 improper 参数 在NAMD中不能被读入（0 IMPROPER）
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vip_zzc

铜虫 (小有名气)

[交流] AMBER力场 improper 参数 在NAMD中不能被读入（0 IMPROPER）

我用amber力场（ff12SB, ff99SB两个都试过了）在NAMD中跑MD，在NAMD输出log文件中，显示 0 IMPROPER，如下：

PARM file in AMBER 7 format
Warning: Skipping ATOMIC_NUMBER in parm file while seeking MASS.
Warning: Encounter 10-12 H-bond term
Warning: Found 87876 H-H bonds.
Info: LONG-RANGE LJ: APPLYING ANALYTICAL CORRECTIONS TO ENERGY AND PRESSURE
Info: LONG-RANGE LJ: AVERAGE A AND B COEFFICIENTS -1.95755e+07 AND -18374.1
Info: SUMMARY OF PARAMETERS:
Info: 104 BONDS
Info: 219 ANGLES
Info: 139 DIHEDRAL
Info: 0 IMPROPER
Info: 0 CROSSTERM
Info: 0 VDW
Info: 325 VDW_PAIRS
Info: 0 NBTHOLE_PAIRS
Info: READING EXTRA BONDS FILE restraints/step6.1_equilibration.dihe
Info: READ 524 EXTRA DIHEDRALS
Info: READ 524 EXTRA IMPROPERS
Info: TIME FOR READING PDB FILE: 9.53674e-07
Info:
Info: ****************************
Info: STRUCTURE SUMMARY:
Info: 381982 ATOMS
Info: 381366 BONDS
Info: 221289 ANGLES
Info: 455628 DIHEDRALS
Info: 0 IMPROPERS
Info: 0 CROSSTERMS
Info: 914447 EXCLUSIONS
Info: 330613 RIGID BONDS
Info: 815333 DEGREES OF FREEDOM
Info: 139245 HYDROGEN GROUPS
Info: 4 ATOMS IN LARGEST HYDROGEN GROUP
Info: 139245 MIGRATION GROUPS
Info: 4 ATOMS IN LARGEST MIGRATION GROUP
Info: TOTAL MASS = 2.33708e+06 amu
Info: TOTAL CHARGE = -0.00574125 e
Info: MASS DENSITY = 0.994389 g/cm^3
Info: ATOM DENSITY = 0.0978737 atoms/A^3
Info: *****************************

如上所示，在parameter summary 和 structure summary中，IMPROPER 一项为 0 ！！
我试过两个力场ff99SB，ff12SB，及 AmberTool1.2、 AmberTool15两个版本，用来生成.prmtop （leap 显示存在 IMPROPER）
结果NAMD读出的IMPROPER都是0 ，虽然NAMD可以正常运行！

经测试，发现：若用CHARMM力场在NAMD跑，确实给出了相应的IMPROPER数
请问 有没有人 注意到这个奇葩的现象呢？
1. 难道NAMD读AMBER力场时已将IMPROPER纳入到DIHEDRAL了？
2. 还是压根就是程序本身的bug，果真如此，NAMD跑出的结果就是不对了？

求解 求解～
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1楼 2014-02-18 15:46:13
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smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★ ★
vip_zzc(金币+2): 谢谢参与
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-02-18 18:27:42
本帖内容被屏蔽
3楼2014-02-18 17:28:47
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vip_zzc

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by smutao at 2014-02-18 17:28:47
请楼主参见
RUN NAMD with Amber Force Field
http://ambermd.org/namd/namd_amber.html
里面好像有讲到楼主的那个问题

这个之前就看过了，主要说明是用AMBER力场时，在NAMD配置文件应该如何对相应选项进行设置的问题。
但并未提到我所描述的问题。。
不过，仍然感谢你的回复~~
赞一下 回复此楼
4楼2014-02-18 20:31:52
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vip_zzc

铜虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-19 11:01:55
引用回帖:
4楼: Originally posted by vip_zzc at 2014-02-18 20:31:52
这个之前就看过了，主要说明是用AMBER力场时，在NAMD配置文件应该如何对相应选项进行设置的问题。
但并未提到我所描述的问题。。
不过，仍然感谢你的回复~~...

grep FLAG .prmtop 后
%FLAG TITLE                                                                     
%FLAG POINTERS                                                                  
%FLAG ATOM_NAME                                                                 
%FLAG CHARGE                                                                    
%FLAG ATOMIC_NUMBER                                                            
%FLAG MASS                                                                     
%FLAG ATOM_TYPE_INDEX                                                           
%FLAG NUMBER_EXCLUDED_ATOMS                                                     
%FLAG NONBONDED_PARM_INDEX                                                      
%FLAG RESIDUE_LABEL                                                            
%FLAG RESIDUE_POINTER                                                           
%FLAG BOND_FORCE_CONSTANT                                                      
%FLAG BOND_EQUIL_VALUE                                                         
%FLAG ANGLE_FORCE_CONSTANT                                                      
%FLAG ANGLE_EQUIL_VALUE                                                         
%FLAG DIHEDRAL_FORCE_CONSTANT                                                   
%FLAG DIHEDRAL_PERIODICITY                                                      
%FLAG DIHEDRAL_PHASE                                                            
%FLAG SCEE_SCALE_FACTOR                                                         
%FLAG SCNB_SCALE_FACTOR                                                         
%FLAG SOLTY                                                                     
%FLAG LENNARD_JONES_ACOEF                                                      
%FLAG LENNARD_JONES_BCOEF                                                      
%FLAG BONDS_INC_HYDROGEN                                                        
%FLAG BONDS_WITHOUT_HYDROGEN                                                   
%FLAG ANGLES_INC_HYDROGEN                                                      
%FLAG ANGLES_WITHOUT_HYDROGEN                                                   
%FLAG DIHEDRALS_INC_HYDROGEN                                                   
%FLAG DIHEDRALS_WITHOUT_HYDROGEN                                                
%FLAG EXCLUDED_ATOMS_LIST                                                      
%FLAG HBOND_ACOEF                                                               
%FLAG HBOND_BCOEF                                                               
%FLAG HBCUT                                                                     
%FLAG AMBER_ATOM_TYPE                                                           
%FLAG TREE_CHAIN_CLASSIFICATION                                                
%FLAG JOIN_ARRAY                                                               
%FLAG IROTAT                                                                    
%FLAG RADIUS_SET                                                               
%FLAG RADII                                                                     
%FLAG SCREEN                                                                    
%FLAG IPOL
我们会发现在amber .prmtop文件中，并没有IMPROPER这一标识，说明AMBER应该是将
IMPROPER 和 PROPER 整合在一起了，NAMD根据FLAG读取amber力场参数，故只能得到
DIHEDRAL，我认为 NAMD .log 输出中给出的 DIHEDRAL = PROPER + IMPROPER
（当然，这是对amber FF作为输入而言）

转 http://simulation.haotui.com/thread-45212-1-1.html
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5楼2014-02-18 21:22:52
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kiss200855372楼
2014-02-18 15:55   回复  
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