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【分享】可自动计算RMSD, RMSF和SASA的VMD插件
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今天偶然浏览发现了一个十分有用的VMD插件VMDICE http://www.meduniwien.ac.at/msi/biosim/bk/a1375/ 里面还有个manual,介绍了如果在WIN下和LINUX下安装可自动计算RMSD,RMSF和SASA，具有图形化界面希望对大家有用。 PS:在WIN下成功安装了，但是在UBUNTU下无法正常安装 能安装的朋友麻烦给指点一下，作者说OPENSUSE可以 一个介绍该plugin 的paper http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.21581/abstract vmd 本身可以完成这些计算分析，但带个强大的gui 会带来很多方便(此文献由Bay_gulf618提供 ) 和大家分享一下： 此外，我在安WIN的时候没有任何问题，但是在安装UBUNTU下时就出现了困难： 在这个.vmdrc中，主要问题出现在 set dir $VMD/plugins/noarch/tcl/vmdICE1.0 source $dir/pkgIndex.tcl vmd_install_extension vmdICE xrmsdgui_tk_cb "Analysis/vmdICE" 这三行里，在载入VMD时，显示 can not read "VMD" no such a varible, can not read "dir" no such a varible 其后，打开analysis,可以看见VMDICE插件，但是点击打不开， 显示invalid commond name "xrmsdgui_tk_cb" 询问过原作者，说他测试过FEDORA和OPENSUSE都可以，不知道这个问题各位能否帮忙解决，万分感谢 附：作图效果  [ Last edited by zh1987hs on 2010-8-26 at 19:29 ] |
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