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zh1987hs

金虫 (著名写手)

[资源] 【分享】可自动计算RMSD, RMSF和SASA的VMD插件

今天偶然浏览发现了一个十分有用的VMD插件VMDICE
http://www.meduniwien.ac.at/msi/biosim/bk/a1375/
里面还有个manual,介绍了如果在WIN下和LINUX下安装可自动计算RMSD,RMSF和SASA，具有图形化界面希望对大家有用。
PS:在WIN下成功安装了，但是在UBUNTU下无法正常安装
能安装的朋友麻烦给指点一下，作者说OPENSUSE可以
一个介绍该plugin 的paper
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.21581/abstract
vmd 本身可以完成这些计算分析，但带个强大的gui 会带来很多方便(此文献由Bay_gulf618提供 )
和大家分享一下：
此外，我在安WIN的时候没有任何问题，但是在安装UBUNTU下时就出现了困难：
在这个.vmdrc中，主要问题出现在
set dir $VMD/plugins/noarch/tcl/vmdICE1.0
source $dir/pkgIndex.tcl
vmd_install_extension vmdICE xrmsdgui_tk_cb "Analysis/vmdICE"
这三行里，在载入VMD时，显示
can not read "VMD" no such a varible,
can not read "dir" no such a varible
其后，打开analysis,可以看见VMDICE插件，但是点击打不开，
显示invalid commond name "xrmsdgui_tk_cb"
询问过原作者，说他测试过FEDORA和OPENSUSE都可以，不知道这个问题各位能否帮忙解决，万分感谢
附：作图效果

[ Last edited by zh1987hs on 2010-8-26 at 19:29 ]

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新手求助有关RMSD,RMSF等计算已经有12人回复

1楼 2010-08-25 22:21:54

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zh1987hs

金虫 (著名写手)

★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-08-27 11:47:36

引用回帖:

Originally posted by zh1987hs at 2010-08-25 22:21:54:
今天偶然浏览发现了一个十分有用的VMD插件VMDICE
http://www.meduniwien.ac.at/msi/biosim/bk/a1375/
里面还有个manual,介绍了如果在WIN下和LINUX下安装可自动计算RMSD,RMSF和SASA，具有图形化界面希 ...

该问题已解决，在UBUNTU中使用可将样本中的$VMD改成VMD安装的实际途径