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[资源] 【分享】可自动计算RMSD, RMSF和SASA的VMD插件

今天偶然浏览发现了一个十分有用的VMD插件VMDICE
http://www.meduniwien.ac.at/msi/biosim/bk/a1375/
里面还有个manual,介绍了如果在WIN下和LINUX下安装可自动计算RMSD,RMSF和SASA,具有图形化界面希望对大家有用。
PS:在WIN下成功安装了,但是在UBUNTU下无法正常安装
能安装的朋友麻烦给指点一下,作者说OPENSUSE可以
一个介绍该plugin 的paper
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.21581/abstract
vmd 本身可以完成这些计算分析,但带个强大的gui 会带来很多方便(此文献由Bay_gulf618提供 )
和大家分享一下:
此外,我在安WIN的时候没有任何问题,但是在安装UBUNTU下时就出现了困难:
在这个.vmdrc中,主要问题出现在
set dir $VMD/plugins/noarch/tcl/vmdICE1.0
source $dir/pkgIndex.tcl
vmd_install_extension vmdICE xrmsdgui_tk_cb "Analysis/vmdICE"
这三行里,在载入VMD时,显示
can not read "VMD" no such a varible,
can not read "dir" no such a varible
其后,打开analysis,可以看见VMDICE插件,但是点击打不开,
显示invalid commond name "xrmsdgui_tk_cb"
询问过原作者,说他测试过FEDORA和OPENSUSE都可以,不知道这个问题各位能否帮忙解决,万分感谢
附:作图效果


[ Last edited by zh1987hs on 2010-8-26 at 19:29 ]
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yangming98

金虫 (著名写手)


★ 一星级,一般

good

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2014-01-23 22:42:42
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查看全部 5 个回答
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-08-27 11:47:36
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-08-25 22:21:54:
今天偶然浏览发现了一个十分有用的VMD插件VMDICE
http://www.meduniwien.ac.at/msi/biosim/bk/a1375/
里面还有个manual,介绍了如果在WIN下和LINUX下安装可自动计算RMSD,RMSF和SASA,具有图形化界面希 ...

该问题已解决,在UBUNTU中使用可将样本中的$VMD改成VMD安装的实际途径
2楼2010-08-26 19:24:12
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菲常亦可

新虫 (小有名气)


引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2010-08-26 19:24:12
该问题已解决,在UBUNTU中使用可将样本中的$VMD改成VMD安装的实际途径...

为什么我一跑就死呢?我是在windows下跑的
3楼2013-12-25 15:09:19
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xbb20121991

银虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

楼主好,我在那个网站下到的vmd.rc和.vmdrc感觉是一样的。
我改成window版的文件用\,而不是/

但是还是会出现读取的错误,和你在linux下的报错一样。
我在analysis中能打开这个对话框。
5楼2015-06-25 13:11:13
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