| 查看: 3812 | 回复: 4 | |||
| 【奖励】 本帖被评价2次，作者zh1987hs增加金币 1.2 个 | |||
[资源]
【分享】可自动计算RMSD, RMSF和SASA的VMD插件
|
|||
|
今天偶然浏览发现了一个十分有用的VMD插件VMDICE http://www.meduniwien.ac.at/msi/biosim/bk/a1375/ 里面还有个manual,介绍了如果在WIN下和LINUX下安装可自动计算RMSD,RMSF和SASA，具有图形化界面希望对大家有用。 PS:在WIN下成功安装了，但是在UBUNTU下无法正常安装 能安装的朋友麻烦给指点一下，作者说OPENSUSE可以 一个介绍该plugin 的paper http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.21581/abstract vmd 本身可以完成这些计算分析，但带个强大的gui 会带来很多方便(此文献由Bay_gulf618提供 ) 和大家分享一下： 此外，我在安WIN的时候没有任何问题，但是在安装UBUNTU下时就出现了困难： 在这个.vmdrc中，主要问题出现在 set dir $VMD/plugins/noarch/tcl/vmdICE1.0 source $dir/pkgIndex.tcl vmd_install_extension vmdICE xrmsdgui_tk_cb "Analysis/vmdICE" 这三行里，在载入VMD时，显示 can not read "VMD" no such a varible, can not read "dir" no such a varible 其后，打开analysis,可以看见VMDICE插件，但是点击打不开， 显示invalid commond name "xrmsdgui_tk_cb" 询问过原作者，说他测试过FEDORA和OPENSUSE都可以，不知道这个问题各位能否帮忙解决，万分感谢 附：作图效果  [ Last edited by zh1987hs on 2010-8-26 at 19:29 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
建议基金发布提前给出明确的时间点
已经有14人回复
-
范进中举一文的中心思想
已经有5人回复
-
2026国自然函评费到账
已经有17人回复
-
让我中一个面上吧！
已经有15人回复
-
2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战
已经有5人回复
-
跳槽后在研项目怎么办？
已经有10人回复
-
什么时候开奖？
已经有10人回复
-
今天放榜吗？
已经有16人回复
-
93BebMhtakh前后11位开头都是大写
已经有8人回复
-
只有每年这种时候来逛逛小木虫
已经有26人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 做分子模拟电脑配置
已经有7人回复
- 新手求助有关RMSD,RMSF等计算
已经有12人回复
2楼2010-08-26 19:24:12
3楼2013-12-25 15:09:19
4楼2014-01-23 22:42:42
5楼2015-06-25 13:11:13
