| 查看: 768 | 回复: 5 | ||
little_lion木虫 (小有名气)
|
[求助]
1-4 interaction between x and y is larger than the 1-4 table size 已有1人参与
|
|
Warning: 1-4 interaction between 471 and 590 at distance inf which is larger than the 1-4 table size 2.200 nm These are ignored for the rest of the simulation This usually means your system is exploding, if not, you should increase table-extension in your mdp file or with user tables increase the table size gmx跑md的时候出现这种warning是怎么个意思？怎么解决 |
回复此楼» 猜你喜欢
362求调剂
已经有9人回复
-
334分 一志愿武理-080500 材料求调剂
已经有9人回复
-
一志愿武汉理工，总分321，英一数二，求老师收留。
已经有12人回复
-
考研调剂求助
已经有6人回复
-
263求调剂
已经有3人回复
-
085600 一志愿9 总分351 求调剂学校
已经有3人回复
-
一志愿西交大080500材料学硕349
已经有6人回复
-
物理学调剂
已经有4人回复
-
304求调剂
已经有10人回复
-
考研材料工程351分调剂
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 重奖征集国内国外做理论计算课题组的信息
已经有44人回复
fangsteel
木虫 (正式写手)
- 应助: 96 (初中生)
- 金币: 1213.6
- 散金: 32
- 红花: 22
- 帖子: 456
- 在线: 192.1小时
- 虫号: 2248690
- 注册: 2013-01-18
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
2楼2014-04-17 10:13:25
little_lion
木虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 3147.7
- 散金: 37
- 红花: 2
- 帖子: 140
- 在线: 451小时
- 虫号: 1861071
- 注册: 2012-06-16
- 专业: 理论和计算化学
|
我的mdp如下： title = sio2_sol ;define = -DPOSRES cpp = cpp constraints = all-bonds constraint_algorithm = LINCS integrator = md dt = 0.002 ; ps ! nsteps = 5000000 ; 10 ns nstxout = 100000 nstvout = 100000 nstfout = 100000 nstlog = 10000 nstenergy = 50000 nstxtcout = 50000 nstlist = 10 ns_type = grid coulombtype = PME rlist = 0.9 rcoulomb = 0.9 rvdw = 1.2 pbc = xyz optimize_fft = yes nstcomm = 1 comm-grps = system ; Berendsen temperature coupling is on tcoupl = v-rescale tc-grps = system tau_t = 0.1 ; 0.1 0.1 ref_t = 298; 298 298 ; Energy monitoring energygrps = system ; Semiisotropic pressure coupling is now on Pcoupl = Berendsen Pcoupltype = isotropic tau_p = 1 ; 1 ; 5 5 5 5 compressibility = 4.5e-5 ;4.5e-5 ; 4.5e-5 0 0 0 ref_p = 1.0 ; 1.0 ; 1.0 0 0 0 ; Generate velocites is on at 300K. gen_vel = yes gen_temp = 298 gen_seed = 173529 freezegrps =BOT freezedim = Y Y Y |
3楼2014-04-17 10:49:18
fangsteel
木虫 (正式写手)
- 应助: 96 (初中生)
- 金币: 1213.6
- 散金: 32
- 红花: 22
- 帖子: 456
- 在线: 192.1小时
- 虫号: 2248690
- 注册: 2013-01-18
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
4楼2014-04-17 11:08:57
little_lion
木虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 3147.7
- 散金: 37
- 红花: 2
- 帖子: 140
- 在线: 451小时
- 虫号: 1861071
- 注册: 2012-06-16
- 专业: 理论和计算化学
5楼2014-04-17 13:44:46
6楼2015-10-13 18:29:53
10